本申请涉及半导体制造技术领域，公开一种基材处理系统，包括反应腔，在反应腔的腔壁上设置有进气口和出气口，进气口位于待清洁区域的侧方，基材处理系统还包括输气结构和抽气结构。输气结构，包括可切换输气的第一输气端和第二输气端；其中，第一输气端用于与反应腔的进气口连通；抽气结构，用于与反应腔的出气口连通，输气结构的第二输气端与抽气结构连通；其中，通过输气结构的第一输气端和第二输气端之间的切换，以使第一输气端能与反应腔的进气口连通；或者，第二输气端与抽气结构连通。这样，能有效清除反应腔内残留的残余物，减小对工艺反应的影响，从而有效提高产品的良率。本申请还公开一种半导体镀膜设备。