本发明提供一种植物分离蛋白的制造方法，采用了与经典的植物分离蛋白生产原理完全不同的新方法。本发明是通过首先激活原料中的蛋白酶(种籽发芽的动力之一)，溶出原料中的蛋白质，分离除渣后，继续酶解反应，利用水解过程产生的酸性使蛋白质在等电点沉出。本发明属于生物化学方法，不使用大量的酸碱，也不产生盐污染，生产流程简单，且产品溶解性等功能大大改善，也为从乳清中提取异黄酮、低聚糖等副产品提供了方便。本发明尤其提供了大豆分离蛋白和花生分离蛋白的连续生产工艺。