本申请公开了一种MEMS传感器及其封装结构，该MEMS传感器包括：封装结构；以及电连接的微机电结构芯片与信号处理芯片，微机电结构芯片与信号处理芯片均位于封装结构的空腔中，其中，封装结构包括：基板、具有开口的內壳体以及外壳体，內壳体与基板固定连接，并与基板形成空腔，外壳体包围內壳体，并遮挡开口，信号处理芯片固定在基板上，开口的位置与信号处理芯片对应，微机电结构芯片与开口相互错开。由于该MEMS传感器的內壳体开口与信号处理芯片对应，且开口并不会暴露微机电结构芯片，因此在通过开口对信号处理芯片进行处理的情况下，减小了对微机电结构芯片的影响和损害。