本实用新型提供了一种城市轨道交通牵引变电所直流母线保护系统，包括母线保护装置、进线电流传感器和馈线电流传感器，所述母线保护装置的输入端与进线电流传感器、馈线电流传感器连接，所述进线电流传感器设置于直流母线的进线，所述馈线电流传感器设置于直流母线的馈线，所述母线保护装置的输出端分别与直流母线的进线、馈线上的开关连接。本实用新型能够及时处理直流母线短路、整流器出口短路和馈线出口短路情况，准确快速切除故障区域，应可能缩小停电范围，使非故障区域可正常供电。