本实用新型公开了一种车辆变速箱控制器及其PCB板，包括相对设置的第一PCB层和第二PCB层，第一PCB层包括第一端口滤波模块、驱动模块和电源模块，第二PCB层包括第二端口滤波模块、驱动模块散热区域和电源模块散热区域。在沿PCB板结构厚度的方向，第二端口滤波模块与第第一端口滤波模块至少部分交叠，驱动模块散热区域与驱动模块至少部分交叠，电源模块散热区域与电源模块至少部分交叠。本实用新型实施例提供的技术方案，解决了因PCB板上散热区域的布局和散热面积设计不合理导致散热效果不佳影响车辆变速箱控制器的正常使用，合理性的增加了PCB板的散热面积，提高了散热效率。