本实用新型提供了内河码头加氢站的氢气纯化系统，粗氢管与第一气水分离器相连，第一气水分离器的顶端出口连接脱氧器，脱氧器与脱氧冷却器相连，脱氧冷却器的下部与第二气水分离器相连，第二气水分离器通过第一连通管与第三气水分离器和第四气水分离器相连，第三气水分离器与第一再生冷却器相连，第一再生冷却器与第一干燥器相连，第一干燥器与第二连通管相连，第二连通管的另一端与过滤器相连，过滤器的底端设置有产品氢出管；第四气水分离器与第二再生冷却器相连，第二再生冷却器与第三干燥器相连，第三干燥器与过滤器相连。此系统能够对制氢站中产生的氢气进行纯化干燥处理。