公开(公告)号：CN114841245B

公开(公告)日：2025-05-02

申请号：CN202210352551.9

申请日：2022-04-05

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 刘炎 ,  沈红斌 ,  袁野

IPC: G16B40/20 ,  G06N3/042 ,  G06N3/048 ,  G06N3/08 ,  G06F18/2415 ,  G16B30/00

Abstract: 一种基于图网络掩膜节点分类的固定骨架的蛋白质序列设计方法，在离线阶段，通过构建样本的蛋白质最近临图作为训练集，对图神经网络进行训练；在在线阶段，通过训练后的图神经网络对缺失序列的蛋白质结构的最临近图进行处理，得到缺失的氨基酸类别概率，然后对类别概率进行采样得到预测的缺失的氨基酸序列。本发明通过增加了更多的结构约束，在蛋白质图中相连的氨基酸对加入了距离和相对角度特征以及每个氨基酸的二面角特征，然后建立近邻图，实现了基于Transformer多头注意力机制的更高效的图网络并探究了最优的氨基酸mask比例。

公开(公告)号：CN114841245A

公开(公告)日：2022-08-02

申请号：CN202210352551.9

申请日：2022-04-05

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 刘炎 ,  沈红斌 ,  袁野

IPC: G06K9/62 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08 ,  G16B30/00 ,  G16B40/00

Abstract: 一种基于图网络掩膜节点分类的固定骨架的蛋白质序列设计方法，在离线阶段，通过构建样本的蛋白质最近临图作为训练集，对图神经网络进行训练；在在线阶段，通过训练后的图神经网络对缺失序列的蛋白质结构的最临近图进行处理，得到缺失的氨基酸类别概率，然后对类别概率进行采样得到预测的缺失的氨基酸序列。本发明通过增加了更多的结构约束，在蛋白质图中相连的氨基酸对加入了距离和相对角度特征以及每个氨基酸的二面角特征，然后建立近邻图，实现了基于Transformer多头注意力机制的更高效的图网络并探究了最优的氨基酸mask比例。