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    基于知识图谱推理的合成致死基因对预测方法、装置、设备及介质
    1.
    发明公开
    基于知识图谱推理的合成致死基因对预测方法、装置、设备及介质 审中-实审

    公开(公告)号：CN116564408A

    公开(公告)日：2023-08-08

    申请号：CN202310486650.0

    申请日：2023-04-28

    申请人： 上海科技大学

    发明人： 郑杰 ,  张可 ,  刘勇 ,  吴敏 ,  冯艺苗

    IPC分类号： G16B20/50 ,  G16B40/00 ,  G06N5/025 ,  G06F16/36 ,  G06N3/045 ,  G06N3/0442

    摘要： 本申请提供基于知识图谱推理的合成致死基因对预测方法、装置、设备及介质，所述方法包括：获取合成致死知识图谱和已知合成致死基因对；将合成致死知识图谱和由已知合成致死基因对所构成的合成致死图合并生成对应的异构图，以基于异构图及预设起始基因构建得到一用于预测所述预设起始基因的若干个搭档基因的预测模型；基于一多分类损失函数来训练优化预测模型。本发明在无需采样邻居的前提下充分利用KG的结构预测SL关系并对预测过程进行解释，将SL预测问题定义为搭档基因的推荐问题。实验表明，在三种数据划分场景下，KR4SL在NDCG，Precision和Recall上的表现和均优于所有的基线模型。

    基于知识图谱推理的合成致死基因对预测方法、装置、设备及介质
    3.
    发明授权
    基于知识图谱推理的合成致死基因对预测方法、装置、设备及介质 有权

    公开(公告)号：CN116564408B

    公开(公告)日：2024-03-01

    申请号：CN202310486650.0

    申请日：2023-04-28

    申请人： 上海科技大学

    发明人： 郑杰 ,  张可 ,  刘勇 ,  吴敏 ,  冯艺苗

    IPC分类号： G16B20/50 ,  G16B40/00 ,  G06N5/025 ,  G06F16/36 ,  G06N3/045 ,  G06N3/0442

    摘要： 本申请提供基于知识图谱推理的合成致死基因对预测方法、装置、设备及介质，所述方法包括：获取合成致死知识图谱和已知合成致死基因对；将合成致死知识图谱和由已知合成致死基因对所构成的合成致死图合并生成对应的异构图，以基于异构图及预设起始基因构建得到一用于预测所述预设起始基因的若干个搭档基因的预测模型；基于一多分类损失函数来训练优化预测模型。本发明在无需采样邻居的前提下充分利用KG的结构预测SL关系并对预测过程进行解释，将SL预测问题定义为搭档基因的推荐问题。实验表明，在三种数据划分场景下，KR4SL在NDCG，(56)对比文件杨瑞达;林欣;杨燕;贺樑;窦亮.基于混合增强智能的知识图谱推理技术研究.计算机应用与软件.2019,(第06期),全文.陈德华;殷苏娜;乐嘉锦;王梅;潘乔;朱立峰.一种面向临床领域时序知识图谱的链接预测模型.计算机研究与发展.2017,(第12期),全文.

    基于对比学习的合成致死基因搭档的推荐方法、装置、终端及介质
    4.
    发明公开
    基于对比学习的合成致死基因搭档的推荐方法、装置、终端及介质 审中-实审

    公开(公告)号：CN115240778A

    公开(公告)日：2022-10-25

    申请号：CN202210957122.4

    申请日：2022-08-10

    申请人： 上海科技大学

    发明人： 郑杰 ,  王诗珂 ,  刘勇 ,  吴敏 ,  冯艺苗 ,  刘鑫

    IPC分类号： G16B40/00 ,  G16B5/00 ,  G06K9/62 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08 ,  G06N20/00

    摘要： 本申请公开了一种基于对比学习的合成致死基因搭档的推荐方法、装置、终端及介质，通过获取基因数据，将基因数据中的待匹配基因和被推荐基因分别组成多个候选基因对，将候选基因对输入训练完毕的对比学习模型得到各候选基因对的基因嵌入，基于各候选基因对的基因嵌入，计算各候选基因对中两基因的相似度，作为各候选基因对的得分结果，选定得分最高的候选基因对中的被推荐基因作为待匹配基因的合成致死基因搭档。本申请利用对比学习框架达到仅用已知的合成致死基因作为正样本训练模型并推荐合成致死基因搭档的效果，排除现有技术对负样本的依赖，有效缓解基因样本的稀缺问题，较现有技术相比具备优越的预测性能。

    基于对比学习的合成致死基因搭档的推荐方法、装置、终端及介质
    5.
    发明授权
    基于对比学习的合成致死基因搭档的推荐方法、装置、终端及介质 有权

    公开(公告)号：CN115240778B

    公开(公告)日：2024-03-26

    申请号：CN202210957122.4

    申请日：2022-08-10

    申请人： 上海科技大学

    发明人： 郑杰 ,  王诗珂 ,  刘勇 ,  吴敏 ,  冯艺苗 ,  刘鑫

    IPC分类号： G16B40/00 ,  G16B5/00 ,  G06F18/22 ,  G06F18/214 ,  G06N3/0499 ,  G06N3/08 ,  G06N20/00

    摘要： 本申请公开了一种基于对比学习的合成致死基因搭档的推荐方法、装置、终端及介质，通过获取基因数据，将基因数据中的待匹配基因和被推荐基因分别组成多个候选基因对，将候选基因对输入训练完毕的对比学习模型得到各候选基因对的基因嵌入，基于各候选基因对的基因嵌入，计算各候选基因对中两基因的相似度，作为各候选基因对的得分结果，选定得分最高的候选基因对中的被推荐基因作为待匹配基因的合成致死基因搭档。本申请利用对比学习框架达到仅用已知的合成致死基因作为正样本训练模型并推荐合成致死基因搭档的效果，排除现有技术对负样本的依赖，有效缓解基因样本的稀缺问题，较现有技术相比具备优越的预测性能。