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公开(公告)号：CN113270142B
公开(公告)日：2024-09-24
申请号：CN202110549592.2
申请日：2021-05-19
申请人： 东南大学
摘要： 本发明公开了一种基于瞬态编码的空间转录组测序解码方法，包括如下步骤：基于寡核苷酸链编码的空间信息编码微球的设计；瞬态编码引物的设计与使用；组织切片处理及信使RNA的捕获；建库测序及分析定位。本方法可以获得高分辨的空间转录组测序，极限情况下可以达到亚细胞分辨率(5μm)，从而可以准确获取组织切片中特定位点上的基因表达情况；本方法成本低廉，规避了成本高昂的光学空间位置信息解码，使得本方法可以以近乎单细胞转录组测序的成本进行空间转录组测序。
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公开(公告)号：CN113930847B
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202111132170.1
申请日：2021-09-26
申请人： 东南大学
IPC分类号： C40B40/06 , C40B50/06 , C12Q1/6869
摘要： 本发明公开了一种空间转录组位置信息编码芯片及其制备方法和应用，所述空间转录组位置信息编码芯片包括化学基团修饰的基片以及与化学基团相连接的至少两轮编码引物形成的引物阵列芯片。本发明的空间转录组位置信息编码芯片能够实现组织切片的全覆盖位置标记、提高空间分辨率以及降低科研成本。
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公开(公告)号：CN113736861B
公开(公告)日：2024-05-10
申请号：CN202110936047.9
申请日：2021-08-16
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/6848 , C12Q1/6806
摘要： 本发明公开了一种基于空间限位效应的核酸均匀扩增方法，所述扩增方法是在核酸扩增方法的扩增体系中加入低熔点琼脂糖凝胶。本发明通过在反应体系中加入低熔点琼脂糖就可以实现提高反应效率和均一性的结果，方法简单而且成本较低，不需要昂贵的设备或者非常难的技术操作，在各个实验室都易实现且应用广泛。
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公开(公告)号：CN112011621B
公开(公告)日：2022-10-28
申请号：CN202011043242.0
申请日：2020-09-28
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/6886 , C12Q1/6858 , C12Q1/6806 , C12N15/11
摘要： 本发明公开一种筛查急性淋巴细胞白血病高危亚型的引物组合及方法，引物组合包括55对用于融合基因检测的Taqman探针和引物以及用于206个突变位点检测的125对引物；所述方法为采用多重PCR技术和高通量测序技术对急性淋巴细胞白血病高危亚型进行筛查。本发明针对急性淋巴细胞白血病高危亚型的常见以及最新的分子学异常，同时进行融合基因和基因突变的检测，具有范围全面，准确度高，特异性强的优点，检测所需RNA和DNA的量低，一次采血即可满足需求，临床可操作性强，可以快速，灵敏的检测急性淋巴细胞白血病高危亚型相关分子学异常，指导临床进行筛查。
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公开(公告)号：CN113358432A
公开(公告)日：2021-09-07
申请号：CN202110599638.1
申请日：2021-05-31
申请人： 东南大学
摘要： 本发明公开了一种用于组织切片的微区样本采集装置，包括承载平台、采样装置、倒置显微成像模块和侧方显微成像模块，承载平台上方设有采样装置，下方设有倒置显微成像模块，侧面设有侧方显微成像模块，承载平台包括电动平台，电动平台上放置有组织切片和样本收集容器，组织切片贴附在涂有缓冲层的载玻片上，借助倒置显微成像模块对组织切片全面扫描，选定感兴趣的细胞区域，并将该位点移动到采样微针正下方；利用电动微操系统控制微针下降，在侧方显微成像模块中实时观察微针尖端与组织切片的接触情况，直到采样微针扎入缓冲层并确保切断此位点的微区域。本发明可以实现组织切片原位获取微区样本，能够获得高质量的RNA、DNA和蛋白质进行下游分析。
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公开(公告)号：CN111676279A
公开(公告)日：2020-09-18
申请号：CN202010431068.0
申请日：2020-05-20
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/6869 , G06T7/11 , G06T11/40 , G16B20/30
摘要： 本发明提出了一种空间转录组构建方法，首先，采用微区采样技术在样品的局部空间位置进行单细胞采样并进行转录组测序；然后，通过单细胞测序方法获得样品每个细胞的转录组信息；最后，根据临近细胞基因表达相似的特点，基于上述局部细胞空间位置的转录组测序数据，以它为参考系，利用转录组信息和空间位置信息的嵌入优化算法，构建样品中所有细胞的空间位置，从而获得整个组织的空间转录组信息；该方法不仅适用细胞质转录组数据，也适用细胞核转录组数据，能有效降低空间转录组的构建成本，本发明空间转录组构建方法可以广泛应用于空间细胞图谱绘制，从而为肿瘤微环境异质性分析、脑空间神经网络图谱构建等研究提供技术支撑。
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公开(公告)号：CN109929747A
公开(公告)日：2019-06-25
申请号：CN201910165741.8
申请日：2019-03-05
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12M1/34 , C12M1/00 , C12Q1/6851 , G06K9/00
摘要： 本发明公开了一种数字PCR检测装置与检测方法，所述检测装置包括检测腔、图像传感器、PCB板和耦合器；检测腔位于图像传感器的表面；图像传感器和PCB板相连，检测腔上有分别用于数字PCR微液滴导入和导出的入口和出口。所述检测方法具体为：将数字PCR体系封装成为微液滴阵列，进行扩增反应；反应完成后，将微液滴阵列注入检测腔；待微液滴充满检测腔并成单层排列的时候，激发光源通过耦合器导入平面波导板，发出的荧光通过滤色片，被图像传感器收集成像；在平面波导板上方对照明；计算机比对分析两次图像，得到模板DNA的数量。本发明采用无透镜成像设计，检测装置的体积大大缩小，方便室外或者便携式应用。
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公开(公告)号：CN115058492A
公开(公告)日：2022-09-16
申请号：CN202210798000.5
申请日：2022-07-07
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/6806 , C12Q1/6869 , C40B50/06
摘要： 本发明公开了一种基于均分组合编码微球的空间转录组测序文库构建方法，包括如下步骤：基于均分组合理念的DNA编码微球的设计与制备；基于SCDB微球的转录组测序文库构建(SCDB‑seq)的设计；基于SCDB‑seq的空间转录组测序的设计与实现。本方法可以以单细胞分辨率(～10μm)对新鲜冰冻样本切片和福尔马林固定石蜡包埋样本切片上的微区进行可选择性的、高多路复用性的中通量(50～1000样本)空间转录组测序文库构建，能够可以选择性地获得组织切片中多个特定微区样本的基因表达谱；本方法实验操作量和试剂成本仅为已有同类方法的～1％和～13％，展现出良好的人力和试剂成本控制。
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公开(公告)号：CN113930847A
公开(公告)日：2022-01-14
申请号：CN202111132170.1
申请日：2021-09-26
申请人： 东南大学
IPC分类号： C40B40/06 , C40B50/06 , C12Q1/6869
摘要： 本发明公开了一种空间转录组位置信息编码芯片及其制备方法和应用，所述空间转录组位置信息编码芯片包括化学基团修饰的基片以及与化学基团相连接的至少两轮编码引物形成的引物阵列芯片。本发明的空间转录组位置信息编码芯片能够实现组织切片的全覆盖位置标记、提高空间分辨率以及降低科研成本。
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公开(公告)号：CN113270142A
公开(公告)日：2021-08-17
申请号：CN202110549592.2
申请日：2021-05-19
申请人： 东南大学
摘要： 本发明公开了一种基于瞬态编码的空间转录组测序解码方法，包括如下步骤：基于寡核苷酸链编码的空间信息编码微球的设计；瞬态编码引物的设计与使用；组织切片处理及信使RNA的捕获；建库测序及分析定位。本方法可以获得高分辨的空间转录组测序，极限情况下可以达到亚细胞分辨率(5μm)，从而可以准确获取组织切片中特定位点上的基因表达情况；本方法成本低廉，规避了成本高昂的光学空间位置信息解码，使得本方法可以以近乎单细胞转录组测序的成本进行空间转录组测序。
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