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公开(公告)号：CN102968575A
公开(公告)日：2013-03-13
申请号：CN201210427661.3
申请日：2012-10-31
Applicant: 东南大学
IPC: G06F19/10
Abstract: 一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1获取待预测DNA序列，长度为T，计算待预测DNA序列弯曲度信号Signal。步骤2建立核小体DNA模版信号P，P的长度为147bp，两端区域宽为50bp，高为0.07，中间区域宽为47bp，高为0.05，卷积P和Signal得到信号S_covn，从S_covn中部取出长为T-10的信号S_covn_keep。步骤3计算S_covn_keep的连续小波变换W(a,b)，母函数为墨西哥帽函数；尺度范围为[2,8]。计算|W(a,b)|的最大值M_W(b)。M_W(b)中的峰即为核小体的二分点位置。
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公开(公告)号：CN100552041C
公开(公告)日：2009-10-21
申请号：CN200710019412.X
申请日：2007-01-22
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 循环杂交延伸DNA测序方法是一种实现了延伸标记物的清除方法，涉及一种循环杂交-延伸DNA测序方法，其步骤为：步骤1)当测序引物与固定的未知DNA模板杂交后，通过在测序引物上每次延伸一个标记单体、并检测后来确定不同位置的未知DNA模板在该次延伸中的碱基信息；步骤2)将延伸标记单体的测序引物从DNA模板中变性分离，并重新将测序引物与DNA模板杂交，用未标记的单体的延伸至已经确定的碱基序列，然后改用标记的单体延伸继续测序，该方法实现了延伸标记物的清除方法，每次杂交测序引物只延伸测定一小段的序列，错误延伸的效应不严重，重新杂交后的延伸按照流行的分子生物学方法进行，能够始终维持DNA模板和测序引物的量重新杂交后的延伸按照流行的分子生物学方法进行，没有标记物量的累积效应，能够始终维持DNA模板和测序引物的量。
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公开(公告)号：CN101003840A
公开(公告)日：2007-07-25
申请号：CN200710019412.X
申请日：2007-01-22
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 循环杂交延伸DNA测序方法是一种实现了延伸标记物的清除方法，涉及一种循环杂交－延伸DNA测序方法，其步骤为：步骤1)当测序引物与固定的未知DNA模板杂交后，通过在测序引物上每次延伸一个标记单体、并检测后来确定不同位置的未知DNA模板在该次延伸中的碱基信息；步骤2)将延伸标记单体的测序引物从DNA模板中变性分离，并重新将测序引物与DNA模板杂交，用未标记的单体的延伸至已经确定的碱基序列，然后改用标记的单体延伸继续测序，该方法实现了延伸标记物的清除方法，每次杂交测序引物只延伸测定一小段的序列，错误延伸的效应不严重，重新杂交后的延伸按照流行的分子生物学方法进行，能够始终维持DNA模板和测序引物的量重新杂交后的延伸按照流行的分子生物学方法进行，没有标记物量的累积效应，能够始终维持DNA模板和测序引物的量。
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公开(公告)号：CN102968575B
公开(公告)日：2016-03-02
申请号：CN201210427661.3
申请日：2012-10-31
Applicant: 东南大学
IPC: G06F19/10
Abstract: 一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1获取待预测DNA序列，长度为T，计算待预测DNA序列弯曲度信号Signal。步骤2建立核小体DNA模版信号P，P的长度为147bp，两端区域宽为50bp，高为0.07，中间区域宽为47bp，高为0.05，卷积P和Signal得到信号S_covn，从S_covn中部取出长为T-10的信号S_covn_keep。步骤3计算S_covn_keep的连续小波变换W(a,b)，母函数为墨西哥帽函数；尺度范围为[2,8]。计算|W(a,b)|的最大值M_W(b)。M_W(b)中的峰即为核小体的二分点位置。
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