公开(公告)号：CN115019890A

公开(公告)日：2022-09-06

申请号：CN202210617086.7

申请日：2022-06-01

Applicant: 中南大学

Inventor： 李敏 ,  郑瑞清 ,  刘澜

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G06K9/62

Abstract: 本公开实施例中提供了一种基于拓扑特性的稀有类型细胞检测方法、系统及设备，属于数据处理技术领域，具体包括：输入一个单细胞表达谱、N个细胞和M个基因，计算KNN最近邻距离矩阵X；根据每个细胞与其他k个近邻细胞的距离向量，计算该细胞的四个领域拓扑特性，并以此构建细胞领域拓扑特征矩阵R；基于拓扑特征矩阵R，结合局部异常因子检测算法计算每个细胞的稀有性分数，并根据自适应参数优化方法设定阈值，输出稀有类型细胞的二元预测结果；将稀有类型细胞的二元预测结果结合社区发现算法进一步对稀有细胞进行亚群划分。通过本公开的方案，从稀有类型细胞近邻差异出发构建拓扑特征矩阵降低了数据维度，提升了预测效率、精准度和适应性。

公开(公告)号：CN115019890B

公开(公告)日：2024-10-22

申请号：CN202210617086.7

申请日：2022-06-01

Applicant: 中南大学

Inventor： 李敏 ,  郑瑞清 ,  刘澜

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G06F18/2413 ,  G06F18/23

Abstract: 本公开实施例中提供了一种基于拓扑特性的稀有类型细胞检测方法、系统及设备，属于数据处理技术领域，具体包括：输入一个单细胞表达谱、N个细胞和M个基因，计算KNN最近邻距离矩阵X；根据每个细胞与其他k个近邻细胞的距离向量，计算该细胞的四个领域拓扑特性，并以此构建细胞领域拓扑特征矩阵R；基于拓扑特征矩阵R，结合局部异常因子检测算法计算每个细胞的稀有性分数，并根据自适应参数优化方法设定阈值，输出稀有类型细胞的二元预测结果；将稀有类型细胞的二元预测结果结合社区发现算法进一步对稀有细胞进行亚群划分。通过本公开的方案，从稀有类型细胞近邻差异出发构建拓扑特征矩阵降低了数据维度，提升了预测效率、精准度和适应性。