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公开(公告)号：CN111635930B
公开(公告)日：2023-10-24
申请号：CN202010398919.6
申请日：2020-05-12
Applicant: 中国农业科学院农业基因组研究所
IPC: C12Q1/6806 , C12N15/10 , C40B50/06
Abstract: 本发明公开了一种高通量测序调取未知RNA全长序列的方法，该方法为：根据RNA‑seq获取的全新短片段的序列设计该未知RNA的5’末端和3’末端基因特异性反转录引物，利用反转录酶和基因特异性反转录引物分别合成5’末端和3’末端一链cDNA，之后利用DNA聚合酶I分别合成5’末端和3’末端二链cDNA，将所合成的两个末端二链cDNA合并，超声打断后构建文库并测序，通过生物信息学分析，最终调取未知RNA全长序列。本发明可在一个实验中同时调取未知RNA的5’末端和3’末端序列，具有快速，灵活，灵敏度高和实验成本低等特点。
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公开(公告)号：CN116286991B
公开(公告)日：2023-10-13
申请号：CN202310097328.9
申请日：2023-02-10
Applicant: 中国农业科学院农业基因组研究所
Abstract: 本发明公开了一种全基因组增强子筛选系统，该系统包括MAE‑seq增强子筛选载体、待筛选片段构成的质粒文库、转染质粒文库并抽提gDNA进行PCR扩增后测序获得的input文库、转染质粒文库经荧光分选后再抽提gDNA并进行PCR扩增后测序获得的output文库以及可过滤掉output文库中假阳性数据的统计学过滤模型。由此，可以通过仅对待筛选的基因片段构建质粒文库、荧光分选、高通量测序及过滤模型过滤即可实现高效稳定的全基因组增强子筛选。本系统适用于适合物种，且不用构建转录组文库，通过荧光表达富集直观高效，还没有覆盖范围不均匀、过度分散且被测序偏差混淆的问题，是相对于现有技术STARR‑seq操作更便捷，成本更低，且稳定、高效的增强子筛选系统。
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公开(公告)号：CN111635930A
公开(公告)日：2020-09-08
申请号：CN202010398919.6
申请日：2020-05-12
Applicant: 中国农业科学院农业基因组研究所
IPC: C12Q1/6806 , C12N15/10 , C40B50/06
Abstract: 本发明公开了一种高通量测序调取未知RNA全长序列的方法，该方法为：根据RNA-seq获取的全新短片段的序列设计该未知RNA的5’末端和3’末端基因特异性反转录引物，利用反转录酶和基因特异性反转录引物分别合成5’末端和3’末端一链cDNA，之后利用DNA聚合酶I分别合成5’末端和3’末端二链cDNA，将所合成的两个末端二链cDNA合并，超声打断后构建文库并测序，通过生物信息学分析，最终调取未知RNA全长序列。本发明可在一个实验中同时调取未知RNA的5’末端和3’末端序列，具有快速，灵活，灵敏度高和实验成本低等特点。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN109033745A
公开(公告)日：2018-12-18
申请号：CN201810589919.7
申请日：2018-06-08
Applicant: 中国农业科学院农业基因组研究所
Abstract: 本发明公开一种消除三维基因组学技术噪音的方法及应用，该方法为在三维基因组学技术的关键步骤邻近连接时加入外切酶组合消除邻近连接后线性DNA，提高环状有效互作比例，所述外切酶组合包括外切酶Lambda与Exonuclease I组合或者外切酶Exonuclease I与Exonuclease III组合。本发明利用外切酶组合酶切反应消除三维基因组学技术噪音的方法具有方便、快捷、高效的优点，能够降低产生假阳性产物或者信号的可能性，增加有效互作环状DNA占比，大大提高终端有效互作数据产出比例，节约测序空间，降低测序成本，简化了后期利用复杂的生物信息手段消除大数据中无效信息所耗费的资源。
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公开(公告)号：CN116286991A
公开(公告)日：2023-06-23
申请号：CN202310097328.9
申请日：2023-02-10
Applicant: 中国农业科学院农业基因组研究所
Abstract: 本发明公开了一种全基因组增强子筛选系统，该系统包括MAE‑seq增强子筛选载体、待筛选片段构成的质粒文库、转染质粒文库并抽提gDNA进行PCR扩增后测序获得的input文库、转染质粒文库经荧光分选后再抽提gDNA并进行PCR扩增后测序获得的output文库以及可过滤掉output文库中假阳性数据的统计学过滤模型。由此，可以通过仅对待筛选的基因片段构建质粒文库、荧光分选、高通量测序及过滤模型过滤即可实现高效稳定的全基因组增强子筛选。本系统适用于适合物种，且不用构建转录组文库，通过荧光表达富集直观高效，还没有覆盖范围不均匀、过度分散且被测序偏差混淆的问题，是相对于现有技术STARR‑seq操作更便捷，成本更低，且稳定、高效的增强子筛选系统。
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公开(公告)号：CN110885845A
公开(公告)日：2020-03-17
申请号：CN201910529253.0
申请日：2019-06-19
Applicant: 中国农业科学院农业基因组研究所
IPC: C12N15/63 , C12N15/65 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种增强子筛选表达载体及利用随机序列筛选增强子的方法所述增强子筛选表达载体由穿梭质粒载体改造而成，增强子筛选表达载上的核心部件包括mini启动子及其下游的mcherry报告基因，mini启动子上游包含随机序列的重组位点。本发明提供一种增强子筛选表达载体及利用随机序列筛选增强子的方法，该方法利用增强子筛选表达载体和筛选文库实现对增强子序列的有效鉴别，相较于现有技术，该方法对基因组中增强子的鉴定准确率大幅提升，同时该方法能够针对几十bp序列中的增强子进行有效鉴定，对于深入理解基因表达调控的机制具有重要意义。
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公开(公告)号：CN110257430A
公开(公告)日：2019-09-20
申请号：CN201910529227.8
申请日：2019-06-19
Applicant: 中国农业科学院农业基因组研究所
IPC: C12N15/867 , C12N15/65
Abstract: 本发明公开了一种活性增强子筛选载体及其构建方法，其基于逆转录病毒载体进行构建，从荧光素酶报告载体中获得微型启动子和mChery片段，并将所获得的微型启动子和mChery片段克隆至逆转录病毒载体中，获得活性增强子筛选载体。利用本发明方法构建的活性增强子筛选载体，只需将待筛选文库直接插入到载体特定位置即可直接进行活性增强子的筛选，大大简便了全基因组水平活性增强子的筛选，对研究增强子的作用机制具有重要意义。
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公开(公告)号：CN108804872A
公开(公告)日：2018-11-13
申请号：CN201810589904.0
申请日：2018-06-08
Applicant: 中国农业科学院农业基因组研究所
Abstract: 本发明公开了一种利用外切酶组合消除三维基因组学技术噪音的方法及应用，该方法是通过在三维基因组学技术的关键步骤邻近连接时加入外切酶组合消除邻近连接后线性DNA，提高环状有效互作比例。本发明通过外切酶组合在消除线性DNA中的优越表现为在C‑技术连接后通过外切酶组合酶切消除“噪音”提供了一种有效手段，本发明利用外切酶组合酶切反应消除三维基因组学技术噪音的方法具有方便、快捷、高效的优点，能够降低产生假阳性产物或者信号的可能性，增加有效互作环状DNA占比，大大提高终端有效互作数据产出比例，节约测序空间，降低测序成本，简化了后期利用复杂的生物信息手段消除大数据中无效信息所耗费的资源。
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