公开(公告)号：CN116286991A

公开(公告)日：2023-06-23

申请号：CN202310097328.9

申请日：2023-02-10

Applicant: 中国农业科学院农业基因组研究所

Inventor： 张玉波 ,  朱秀生 ,  黄雷 ,  黄其通 ,  罗静 ,  李清

IPC: C12N15/867 ,  G16B35/20 ,  G16B35/10 ,  C12N15/65 ,  C40B50/06 ,  G01N21/64

Abstract: 本发明公开了一种全基因组增强子筛选系统，该系统包括MAE‑seq增强子筛选载体、待筛选片段构成的质粒文库、转染质粒文库并抽提gDNA进行PCR扩增后测序获得的input文库、转染质粒文库经荧光分选后再抽提gDNA并进行PCR扩增后测序获得的output文库以及可过滤掉output文库中假阳性数据的统计学过滤模型。由此，可以通过仅对待筛选的基因片段构建质粒文库、荧光分选、高通量测序及过滤模型过滤即可实现高效稳定的全基因组增强子筛选。本系统适用于适合物种，且不用构建转录组文库，通过荧光表达富集直观高效，还没有覆盖范围不均匀、过度分散且被测序偏差混淆的问题，是相对于现有技术STARR‑seq操作更便捷，成本更低，且稳定、高效的增强子筛选系统。

公开(公告)号：CN116286991B

公开(公告)日：2023-10-13

申请号：CN202310097328.9

申请日：2023-02-10

Applicant: 中国农业科学院农业基因组研究所

Inventor： 张玉波 ,  朱秀生 ,  黄雷 ,  黄其通 ,  罗静 ,  李清

IPC: C12N15/867 ,  G16B35/20 ,  G16B35/10 ,  C12N15/65 ,  C40B50/06 ,  G01N21/64

Abstract: 本发明公开了一种全基因组增强子筛选系统，该系统包括MAE‑seq增强子筛选载体、待筛选片段构成的质粒文库、转染质粒文库并抽提gDNA进行PCR扩增后测序获得的input文库、转染质粒文库经荧光分选后再抽提gDNA并进行PCR扩增后测序获得的output文库以及可过滤掉output文库中假阳性数据的统计学过滤模型。由此，可以通过仅对待筛选的基因片段构建质粒文库、荧光分选、高通量测序及过滤模型过滤即可实现高效稳定的全基因组增强子筛选。本系统适用于适合物种，且不用构建转录组文库，通过荧光表达富集直观高效，还没有覆盖范围不均匀、过度分散且被测序偏差混淆的问题，是相对于现有技术STARR‑seq操作更便捷，成本更低，且稳定、高效的增强子筛选系统。