-
公开(公告)号:CN118813799A
公开(公告)日:2024-10-22
申请号:CN202410951868.3
申请日:2024-07-16
申请人: 中国医学科学院肿瘤医院 , 北京迈基诺基因科技股份有限公司
IPC分类号: C12Q1/6886 , C12Q1/6858 , C12N15/11 , G16B25/20 , G16H70/60 , G16B20/30
摘要: 本发明涉及基因检测技术领域,具体涉及一种用于基因甲基化评估宫颈病变风险的标志物组合、试剂盒及系统;本发明用于基因甲基化评估宫颈病变风险的标志物组合包括ZSCAN1基因、POU4F3基因、SOX1基因和JAM3基因;本发明针对评估宫颈病变风险的标志物进行筛选,并对合适的引物和探针进行设计,进一步确定标志物片段,并对亚硫酸氢盐转化的DNA样本进行三重qPCR扩增,进而对标志物甲基化情况进行检测,并寻找合适的阴阳性样本进行比对,根据病理结果以CIN2为临床诊断界值并依据约登指数最大原则确定阈值,进行结果评估;CIN2+的灵敏性为89%,特异性为100%;CIN3+的灵敏性为93.55%,特异性为93.02%,达到对宫颈病变精确的检测。
-
公开(公告)号:CN116463422A
公开(公告)日:2023-07-21
申请号:CN202310623058.0
申请日:2022-12-14
申请人: 中国医学科学院肿瘤医院 , 北京迈基诺基因科技股份有限公司
IPC分类号: C12Q1/6886 , G16B30/10 , G16B40/00 , G16B25/20
摘要: 本发明涉及分子生物学检测领域,具体涉及人乳头瘤病毒(HPV)分型及宫颈癌相关基因甲基化一体化检测模型及其构建方法;本发明以宫颈细胞DNA提取模块、测序模块、探针设计模块、富集测序模块和生信分析模块建立HPV分型及甲基化一体化检测模型,通过靶向测序的方法可以同时检测HPV分型和评估HPV甲基化及人宫颈癌相关基因甲基化程度,实施例结果表明,利用本发明检测模型对HPV感染伴有不同病变的宫颈脱落细胞样本检测,灵敏度为79.59%、特异度为67.74%、AUC值为0.74,具有捕获效率高、捕获稳定性和均一性较好的特点,能减少测序成本,避免单一检测导致的过度诊断问题。
-
公开(公告)号:CN115612744A
公开(公告)日:2023-01-17
申请号:CN202211598172.4
申请日:2022-12-14
申请人: 中国医学科学院肿瘤医院 , 北京迈基诺基因科技股份有限公司
IPC分类号: C12Q1/6886 , G16B25/20 , G16B30/10 , G16B40/00
摘要: 本发明涉及分子生物学检测领域,具体涉及人乳头瘤病毒(HPV)分型及宫颈癌相关基因甲基化一体化检测模型及其构建方法;本发明方法包括:提取待测宫颈细胞DNA,进行甲基化处理;设计探针,通过探针靶向富集后进行高通量测序,建立HPV分型及甲基化一体化检测模型进行生物信息学分析,比对HPV分型,提取所有CpG位点,再从所有CpG位点中提取宫颈癌相关基因CpG位点,计算每种HPV分型的每个基因区域的甲基化分值,再检测宫颈癌相关基因甲基化;本发明旨在通过一个样本、一次检测实现对HPV分型及宫颈癌相关基因甲基化检测,通过多数据对个体的宫颈癌风险进行分析,避免单一检测导致的过度诊断问题。
-
公开(公告)号:CN118086484A
公开(公告)日:2024-05-28
申请号:CN202311677644.X
申请日:2023-12-08
申请人: 北京迈基诺基因科技股份有限公司 , 北京大学第一医院
IPC分类号: C12Q1/6883 , C12Q1/6869 , C12N15/11
摘要: 本发明涉及基因检测技术领域,具体涉及一种用于检测常染色体显性小管间质性肾病相关基因MUC1变异的引物、试剂盒及系统;本系统包括样本采集模块,用于采集待检者的基因组DNA样本;扩增模块,用于对基因组DNA样本进行高GC PCR扩增;文库制备模块,用于纯化洗脱制得测序文库;测序统计模块,用于在VNTR区对突变类型进行判断,对每条reads的VNTR区计算拷贝数、突变类型及数量,采用二项分布进行统计;判定模块,用于根据统计的结果,得出变异频率最高的拷贝位置,确定MUC1变异的突变类型;本发明通过三代测序进行检测,突变定型准确,解决现有检测方案的不实用性。
-
公开(公告)号:CN117625795A
公开(公告)日:2024-03-01
申请号:CN202410104939.6
申请日:2024-01-25
申请人: 北京迈基诺基因科技股份有限公司
IPC分类号: C12Q1/6886 , C12N15/11 , G16B20/00 , G16B30/00
摘要: 本发明涉及基因技术领域,具体涉及一种用于肺癌甲基化检测的探针组、试剂盒及检测系统和应用;本发明探针组包括如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.204所示核苷酸序列的探针;本发明通过设计探针,实现对目的基因的捕获;筛选肺癌甲基化标志物,可实现准确对可能患肺癌的患者进行评估;通过肿瘤组织来源占比计算模型可以预测每条甲基化标志物区域的基因片段的d‑score指标,并通过样本DNA分组信息通过约登指数的最大值确定最佳临界点得出患病几率,结果准确,检测快速,实现对肺癌的无创早期筛查。
-
公开(公告)号:CN112359109B
公开(公告)日:2022-10-21
申请号:CN202011344395.9
申请日:2020-11-26
申请人: 北京迈基诺基因科技股份有限公司
IPC分类号: C12Q1/6883 , C12Q1/6869 , C12N15/11
摘要: 一种用于检测α地中海贫血和β地中海贫血相关致病基因的探针组,包括捕获检测HBA1、HBA2的第一探针组,以及捕获检测HBB的第二探针组,其中,第一探针组、第二探针组设计参考人类基因组Hg38/Hg19版本,为寡核苷酸探针,第一探针组覆盖区域按照Hg38版本为chr16:147743‑185701,按照Hg19版本为chr16:197742‑235700,第二探针组覆盖区域按照Hg38版本为chr11:5225597‑5227178,按照Hg19版本为chr11:5246827‑5248408,还提供一种试剂盒,包括第一探针组、第二探针组、富集缓冲液、杂交缓冲液、结合缓冲液、第一漂洗液、第二漂洗液、0.1M的NaOH水溶液、1M的Tris‑HCl缓冲液、PCR反应液、TE缓冲液。本发明提供的探针组可以同时检测HBA1、HBA2和HBB基因,且可以检测所有目前已知α地中海贫血和β地中海贫血的323种突变类型。
-
公开(公告)号:CN113948150B
公开(公告)日:2022-04-19
申请号:CN202111567840.2
申请日:2021-12-21
申请人: 北京迈基诺基因科技股份有限公司
IPC分类号: G16B5/00 , G16B30/10 , G16B40/00 , G16B50/00 , C12Q1/6886
摘要: 本发明涉及分子生物学检测领域,具体涉及一种JMML相关基因甲基化水平评估方法、模型及构建方法,通过确定JMML相关基因甲基化位点、设计探针,提取样本DNA,构建JMML相关基因甲基化文库,根据构建的JMML相关基因甲基化文库,进行碱基识别,去除序列接头以及删除低质量碱基后比对至人基因组hg19,去冗余提取所有CpG位点,对JMML相关基因甲基化位点CpG进行聚类,按照聚类顺序划分高甲基化、中甲基化、低甲基化,构建数据库;本发明方法以及构建的模型可减少全基因组甲基化测序的成本高和耗时长的问题,便于更高效快速的对JMML相关基因甲基化水平进行评估,利于JMML预后风险评估。
-
公开(公告)号:CN113930516A
公开(公告)日:2022-01-14
申请号:CN202111546593.8
申请日:2021-12-17
申请人: 北京迈基诺基因科技股份有限公司
IPC分类号: C12Q1/6886 , C12Q1/6806 , C12Q1/686 , C40B50/06 , G16B5/00 , G16B25/20 , G16B30/10
摘要: 本发明涉及分子生物学检测领域,具体涉及一种宫颈癌相关基因甲基化的引物、试剂盒、模型及构建方法,设计甲基化引物,通过提取宫颈细胞DNA,并对宫颈细胞DNA进行甲基化处理,对甲基化处理后的宫颈细胞DNA利用PCR扩增的试剂盒进行第一次PCR扩增并纯化,将处理后的产物进行第二次PCR扩增并纯化,得到文库,将文库通过二代测序平台进行高通测序后进行生信分析,基于宫颈癌样本和正常样本,将每个PCR扩增区域计算得到一个甲基化分值作为自变量,采用逻辑回归方式构建宫颈癌相关基因甲基化评估模型;本发明通过多重PCR甲基化建库,经高通量测序得到样本甲基化状态,测序深度高,时间短,成本低,根据评估的风险决定对治疗或是观察,可有效减少过度治疗。
-
公开(公告)号:CN112226495B
公开(公告)日:2021-03-16
申请号:CN202011504812.1
申请日:2020-12-18
申请人: 北京迈基诺基因科技股份有限公司
IPC分类号: C12Q1/6858 , G16B20/20 , G16B25/20
摘要: 本申请提供了一种DNA同源重组异常的检测方法,包括:(1)SNP位点筛选;(2)为筛选到的SNP位点设计捕获探针;(3)基因组DNA提取和文库构建;(4)文库靶向富集;(5)高通量测序并分析测序数据,判断HRD状态时使用Kolmogorov‑Smirnov检验或者scarHRD。
-
公开(公告)号:CN112458162A
公开(公告)日:2021-03-09
申请号:CN202011280500.7
申请日:2020-11-16
申请人: 北京迈基诺基因科技股份有限公司
IPC分类号: C12Q1/6883 , C12Q1/6851 , G16B40/00
摘要: 本申请提供了一种利用ALU重复序列定量cfDNA的非诊断方法以及ddcfDNA相对含量检测方法,所得的数据可用于检测器官移植排异反应。
-
-
-
-
-
-
-
-
-