公开(公告)号：CN108804875B

公开(公告)日：2020-11-17

申请号：CN201810644958.2

申请日：2018-06-21

申请人： 中国科学院北京基因组研究所

发明人： 米双利 ,  邢志凯 ,  郭翀晔 ,  李蒙

IPC分类号： G16B30/10 ,  G16B40/30 ,  G16B50/00 ,  C12Q1/689 ,  C12Q1/10 ,  C12Q1/06 ,  C12Q1/04

摘要： 本发明提供一种利用宏基因组数据分析微生物群体功能的方法，采集已知所有微生物物种、基因和功能信息，将这些信息整合为参考数据库；对待测微生物群体的宏基因组进行测序，控制测序数据质量，计算物种丰度和基因丰度，分析不同样本间微生物的组成差异和基因水平差异；对基因功能注释，将相同功能的基因聚类，得到功能模块，将各个功能模块中所有非冗余基因的相关丰度进行加合计算，得到所有功能模块的丰度值，对待测样本微生物的功能进行差异比较分析或整体评价。本发明方法省去了拼接、组装、预测和测序数据与单一功能数据库分别比对的分析步骤，节省时间，提高测序数据利用率，可用于高通量微生物全基因组测序数据的分析和筛选功能微生物。

公开(公告)号：CN108804875A

公开(公告)日：2018-11-13

申请号：CN201810644958.2

申请日：2018-06-21

申请人： 中国科学院北京基因组研究所

发明人： 米双利 ,  邢志凯 ,  郭翀晔 ,  李蒙

IPC分类号： G06F19/20 ,  G06F19/28 ,  G06F19/24 ,  C12Q1/689 ,  C12Q1/10 ,  C12Q1/06 ,  C12Q1/04

摘要： 本发明提供一种利用宏基因组数据分析微生物群体功能的方法，采集已知所有微生物物种、基因和功能信息，将这些信息整合为参考数据库；对待测微生物群体的宏基因组进行测序，控制测序数据质量，计算物种丰度和基因丰度，分析不同样本间微生物的组成差异和基因水平差异；对基因功能注释，将相同功能的基因聚类，得到功能模块，将各个功能模块中所有非冗余基因的相关丰度进行加合计算，得到所有功能模块的丰度值，对待测样本微生物的功能进行差异比较分析或整体评价。本发明方法省去了拼接、组装、预测和测序数据与单一功能数据库分别比对的分析步骤，节省时间，提高测序数据利用率，可用于高通量微生物全基因组测序数据的分析和筛选功能微生物。