公开(公告)号：CN113223607B

公开(公告)日：2023-10-20

申请号：CN202110590305.2

申请日：2021-05-28

申请人： 北京化工大学

发明人： 于明加 ,  郭霄亮 ,  林煌 ,  李晋萍

IPC分类号： G16B15/00 ,  G16B50/00 ,  G06F40/186 ,  G06F16/174

摘要： 本发明提供一种采用smiles算法随机批量生成肝素类似物结构坐标的方法，通过该smiles字符串可以重新定义化合物结构上原子编号，结合去冗余算法可以去除随机生成的肝素类似物结构上的重复结构。本发明构建一个肝素或硫酸乙酰肝素类似物的五个糖单元结构库，用于后续筛选出与相关受体蛋白结合紧密的硫酸乙酰肝素类似物和药效团，用于理性设计抗冠状病毒的寡糖类先导药物，并通过体外生物合成途径合成设计的硫酸乙酰肝素类先导化合物。该方法可以简单快速生成肝素类似物寡糖单元结构上某位点发生特定取代的所有可能性的结构坐标，能够广泛适用于小分子或者大分子化合物，实现特定位点特定修饰，继而批量随机生成大量特征化合物坐标。

公开(公告)号：CN113223607A

公开(公告)日：2021-08-06

申请号：CN202110590305.2

申请日：2021-05-28

申请人： 北京化工大学

发明人： 于明加 ,  郭霄亮 ,  林煌 ,  李晋萍

IPC分类号： G16B15/00 ,  G16B50/00 ,  G06F40/186 ,  G06F16/174

摘要： 本发明提供一种采用smiles算法随机批量生成肝素类似物结构坐标的方法，通过该smiles字符串可以重新定义化合物结构上原子编号，结合去冗余算法可以去除随机生成的肝素类似物结构上的重复结构。本发明构建一个肝素或硫酸乙酰肝素类似物的五个糖单元结构库，用于后续筛选出与相关受体蛋白结合紧密的硫酸乙酰肝素类似物和药效团，用于理性设计抗冠状病毒的寡糖类先导药物，并通过体外生物合成途径合成设计的硫酸乙酰肝素类先导化合物。该方法可以简单快速生成肝素类似物寡糖单元结构上某位点发生特定取代的所有可能性的结构坐标，能够广泛适用于小分子或者大分子化合物，实现特定位点特定修饰，继而批量随机生成大量特征化合物坐标。