公开(公告)号：CN103500293A

公开(公告)日：2014-01-08

申请号：CN201310400300.4

申请日：2013-09-05

申请人： 北京工业大学

发明人： 李春华 ,  张弘古村 ,  刘斌 ,  谢小露 ,  张蕾 ,  谭建军 ,  张小轶 ,  王存新

IPC分类号： G06F19/22

摘要： 一种非核糖体蛋白质-RNA复合物近天然结构的筛选方法，属于蛋白质-RNA分子对接复合物结构预测领域。首先，通过构象搜索获得蛋白质-RNA各种可能的结合模式；然后，对其合理性进行评价，其间综合考虑了蛋白质-RNA分子间的静电和范德华相互作用能，以及复合物界面上氨基酸-核苷酸成对偏好势。各项的权重是通过采用线性回归的方法，来对对接结构的配体均方根偏差和其能量项的加权组合值进行拟合得到的；最后，根据分值从小到大进行排序，从而判断近天然结构。该方法在非核糖体蛋白质-RNA分子对接近天然结构的筛选中有很好的效果，成功率较高，可用于该类蛋白质-RNA复合物结构预测领域，为分子改造和设计提供重要的依据。

公开(公告)号：CN103500293B

公开(公告)日：2017-07-14

申请号：CN201310400300.4

申请日：2013-09-05

申请人： 北京工业大学

发明人： 李春华 ,  张弘古村 ,  刘斌 ,  谢小露 ,  张蕾 ,  谭建军 ,  张小轶 ,  王存新

IPC分类号： G06F19/22

摘要： 一种非核糖体蛋白质‑RNA复合物近天然结构的筛选方法，属于蛋白质‑RNA分子对接复合物结构预测领域。首先，通过构象搜索获得蛋白质‑RNA各种可能的结合模式；然后，对其合理性进行评价，其间综合考虑了蛋白质‑RNA分子间的静电和范德华相互作用能，以及复合物界面上氨基酸‑核苷酸成对偏好势。各项的权重是通过采用线性回归的方法，来对对接结构的配体均方根偏差和其能量项的加权组合值进行拟合得到的；最后，根据分值从小到大进行排序，从而判断近天然结构。该方法在非核糖体蛋白质‑RNA分子对接近天然结构的筛选中有很好的效果，成功率较高，可用于该类蛋白质‑RNA复合物结构预测领域，为分子改造和设计提供重要的依据。