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公开(公告)号：CN117174176A
公开(公告)日：2023-12-05
申请号：CN202310912834.9
申请日：2023-07-24
Applicant: 北京工业大学 , 北京华欣卓越科技有限公司
Abstract: 考虑统计偏好和随机分组特征选择策略的蛋白质‑DNA相互作用热点预测方法，属于蛋白质‑DNA相互作用与识别预测技术领域。包括四个步骤：一是从蛋白质‑DNA复合物结构中提取残基特征，包括传统的序列和结构特征，以及新特征(残基界面统计偏好、共进化、动力学特征和加权网络特征)，二是使用ADASYN方法平衡训练集中的正负样本数据，三是基于随机分组策略，并结合Boruta方法筛选最优特征组合，四是构建基于多个子模型的集成分类模型进行热点残基预测。本发明首次将残基界面统计偏好、共进化、动力学特征和加权网络特征，以及基于随机分组的特征选择策略用于蛋白质‑DNA相互作用热点预测。其中，残基界面统计偏好和基于随机分组的特征选择策略是我们之前开发的，前者可以很好地考虑蛋白质中的氨基酸残基与DNA中的核苷酸相互作用的偏好性；后者对最优特征的选择有很好的效果。
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公开(公告)号：CN108932400A
公开(公告)日：2018-12-04
申请号：CN201710374896.3
申请日：2017-05-24
Applicant: 北京工业大学
Abstract: 一种考虑界面信息的有效的蛋白质-RNA复合物结构预测方法，属于蛋白质-RNA分子识别与相互作用研究领域。第一，以蛋白质中的每个氨基酸残基为中心，将与之有接触的残基划分为一个模块，剔除内部模块，保留表面模块。第二，对表面模块定义PPQA：模块的界面偏好性P、内部接触面积Q和溶剂可及表面积A三者乘积；根据PPQA由高到低排序，排在前两位的为可能的结合模块。第三，将结合模块信息整合到BESDock分子对接中，约束对接采样的范围。第四，用组合打分函数RPveScore评估对接采样的结合模式，分值由低到高排序，筛选出近天然结构。该方法提高采样效率，提高近天然结构的排名，给出复合物结构良好的预测。
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公开(公告)号：CN105447322A
公开(公告)日：2016-03-30
申请号：CN201510919482.5
申请日：2015-12-11
Applicant: 北京工业大学
IPC: G06F19/00
CPC classification number: G06F19/24
Abstract: 一种基于支持向量机对抗病毒类抑制剂离解速率常数的预测方法，属于生物信息学领域。发明内容包括获取抗病毒类药物的分子描述符数据集，通过医学统计软件SPSS及偏最小二乘法组合遗传算法(GA-PLS)对数据集进行筛选，将已筛选好的数据集输入到Matlab中，利用支持向量机的方法建立回归模型。本发明利用药物的分子描述符和对应的Koff值建立了回归预测模型，用简单实用的方法实现了Koff值的预测，本发明可以推动化学结构与结合动力学关系的研究进程，提高药物研发的研发效率，从而降低研发成本。
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公开(公告)号：CN103500293A
公开(公告)日：2014-01-08
申请号：CN201310400300.4
申请日：2013-09-05
Applicant: 北京工业大学
IPC: G06F19/22
Abstract: 一种非核糖体蛋白质-RNA复合物近天然结构的筛选方法，属于蛋白质-RNA分子对接复合物结构预测领域。首先，通过构象搜索获得蛋白质-RNA各种可能的结合模式；然后，对其合理性进行评价，其间综合考虑了蛋白质-RNA分子间的静电和范德华相互作用能，以及复合物界面上氨基酸-核苷酸成对偏好势。各项的权重是通过采用线性回归的方法，来对对接结构的配体均方根偏差和其能量项的加权组合值进行拟合得到的；最后，根据分值从小到大进行排序，从而判断近天然结构。该方法在非核糖体蛋白质-RNA分子对接近天然结构的筛选中有很好的效果，成功率较高，可用于该类蛋白质-RNA复合物结构预测领域，为分子改造和设计提供重要的依据。
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公开(公告)号：CN101984041B
公开(公告)日：2013-05-22
申请号：CN201010532101.5
申请日：2010-10-29
Applicant: 北京工业大学
IPC: C12M1/26
CPC classification number: C12M33/04
Abstract: 本发明公开了一种喷雾式微生物液体样品分布装置，包括气囊(1)、吸管(3)和喷雾管(5)，这三者依次紧密相连并可拆卸，吸管上设有刻度(4)，喷雾管(5)末端的喷雾头(6)设有数个均匀分布的液体分配孔，吸管(3)的近气囊端填有棉花塞(2)，喷雾管(5)末端与近吸管端呈90°角。本发明以喷雾方式将含有微生物的液体样品均匀分布于固体培养平板表面，避免了用涂布棒于固体培养平板表面涂布微生物样品过程中出现的涂布棒冷却不充分导致微生物被烫死、涂布效果差等问题，结构简单、成本低、操作简便，耗时短。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN103091384A
公开(公告)日：2013-05-08
申请号：CN201210581393.0
申请日：2012-12-27
Applicant: 北京工业大学
IPC: G01N27/447
Abstract: 预装式琼脂糖凝胶电泳上样缓冲液及使用方法，属于琼脂糖凝胶电泳技术领域。该缓冲液包括数滴滴状浓缩上样缓冲液、塑封、封舌，塑封由低密度聚乙烯塑料对折紧密粘合而成，每滴滴状浓缩上样缓冲液均匀注入密封在塑封折缝处，数滴滴状浓缩上样缓冲液均匀分散地密封在塑封折缝处，在塑封边缘设有封舌。使用时根据计算将核酸样品吸入移液器，调节移液器使其吸入量增大一滴缓冲液的体积，然后吸入一滴缓冲液，达到混合均匀的目的并上样。本发明进行上样，无需反复量取浓缩上样缓冲液，操作简单易学，省时省力。
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公开(公告)号：CN102851378A
公开(公告)日：2013-01-02
申请号：CN201210345219.6
申请日：2012-09-17
Applicant: 北京工业大学
Abstract: 本发明涉及一种HIV-1整合酶链转移反应抑制剂体外筛选方法，属于生物技术领域。该方法是用异硫氰酸荧光素（FITC）基团标记靶DNA，通过检测FITC基团的荧光信号来对整合酶的链转移反应活性或待测样品的抑制活性进行评价。现有的HIV-1整合酶链转移反应抑制剂体外筛选方法整个过程至少需要约4h，而本发明方法可将整个筛选过程缩短至2h以内，同时大大降低了筛选成本。
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公开(公告)号：CN103500293B
公开(公告)日：2017-07-14
申请号：CN201310400300.4
申请日：2013-09-05
Applicant: 北京工业大学
IPC: G06F19/22
Abstract: 一种非核糖体蛋白质‑RNA复合物近天然结构的筛选方法，属于蛋白质‑RNA分子对接复合物结构预测领域。首先，通过构象搜索获得蛋白质‑RNA各种可能的结合模式；然后，对其合理性进行评价，其间综合考虑了蛋白质‑RNA分子间的静电和范德华相互作用能，以及复合物界面上氨基酸‑核苷酸成对偏好势。各项的权重是通过采用线性回归的方法，来对对接结构的配体均方根偏差和其能量项的加权组合值进行拟合得到的；最后，根据分值从小到大进行排序，从而判断近天然结构。该方法在非核糖体蛋白质‑RNA分子对接近天然结构的筛选中有很好的效果，成功率较高，可用于该类蛋白质‑RNA复合物结构预测领域，为分子改造和设计提供重要的依据。
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公开(公告)号：CN103275945B
公开(公告)日：2015-03-04
申请号：CN201310188288.5
申请日：2013-05-20
Applicant: 北京工业大学
Abstract: 可溶性HIV-1整合酶重组蛋白的制备方法，属于生物技术领域。制备方法包括诱导表达、菌体破碎、纯化等步骤，所用表达培养基含有15-35g/L胰蛋白胨，10-20g/L酵母提取物，2-3g/L氯化钠，1g/L葡萄糖，10-15g/L甘油，2.05g/L磷酸氢二钠，1.27g/L磷酸二氢钠，50mg/L硫酸镁，60mg/L卡那霉素，所用裂解缓冲液含有20mM 4-羟乙基哌嗪乙磺酸，1M氯化钠，2mM β-巯基乙醇，0.3mg/ml溶菌酶，5mM咪唑，pH 值为9.0。表达培养基可保证宿主菌的正常生长和目的蛋白的高效表达，裂解缓冲液可加强菌体的破碎效果，增加目的蛋白的可溶性，最终提高目的蛋白的产率。
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公开(公告)号：CN102839113B
公开(公告)日：2014-01-01
申请号：CN201210337444.5
申请日：2012-09-12
Applicant: 北京工业大学
IPC: C12M1/00
Abstract: 一种可调宽度式快速切胶装置，属于生命科学实验器材领域。其包括外刃、内刃、外刃手柄、内刃手柄、固定箍、调节旋钮、齿轮、齿轮槽组成。使用时，根据待回收DNA条带的宽度，用调节旋钮调整外刃与内刃之间的距离，使之与待回收DNA条带的宽度相匹配；然后将外刃与内刃对准待回收DNA条带，手持手柄垂直切入琼脂糖凝胶中，即可一次性切下含有待回收DNA条带的凝胶。使用本发明的装置进行切胶，操作简单，整个过程仅需数秒钟，可缩短待回收DNA暴露于紫外线中的时间，降低待回收DNA的变异机率。
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