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公开(公告)号：CN113421610B
公开(公告)日：2023-10-20
申请号：CN202110803688.7
申请日：2021-07-15
申请人： 北京望石智慧科技有限公司
发明人： 殷实秋
摘要： 本发明提供一种分子叠合构象确定方法、装置以及存储介质，其中，方法包括：获取候选分子任一采样构象；根据目标算法确定候选分子采样构象的最优旋转平移变换，得到第一候选分子采样构象；对第一候选分子采样构象进行局部优化，得到第二候选分子采样构象；根据第二候选分子采样构象与参考分子构象，得到相似度结果；重复执行获取候选分子任一采样构象至根据第二候选分子采样构象与参考分子构象，得到相似度结果的步骤，直至满足目标条件，得到候选分子多个采样构象的相似度结果；根据多个相似度结果，确定候选分子的叠合构象。通过实施本发明，直接在局部使用梯度下降寻找最接近参考分子构象的构象，从而显著减少构象采样数，进而减少计算量。
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公开(公告)号：CN112289371A
公开(公告)日：2021-01-29
申请号：CN202011012500.9
申请日：2020-09-23
申请人： 北京望石智慧科技有限公司
IPC分类号： G16B15/20
摘要： 本发明提供一种蛋白质与小分子样本生成及结合能、结合构象预测方法，其中，小分子和蛋白质结合样本生成方法，包括：当小分子与蛋白质之间存在相互配合的目标给体和目标受体，判断目标给体和目标受体是否存在相互作用；当目标给体与目标受体存在相互作用，则按照预设规则，建立目标给体与目标受体的空间构象数据，得到小分子和蛋白质结合样本。通过实施本发明对目标给体和受体部分进行筛选，并根据筛选出的目标给体和受体按照预设规则建立三维空间矩阵作为样本，根据已有知识，简化小分子和蛋白质结合时的分析模型，对样本引入先验知识，从而在后续模型训练时，可以通过较少的样本实现模型的训练，降低数据处理量以及训练过程耗费时长。
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公开(公告)号：CN115938500A
公开(公告)日：2023-04-07
申请号：CN202110953574.0
申请日：2021-08-19
申请人： 北京望石智慧科技有限公司
IPC分类号： G16C20/30
摘要： 本发明公开了一种分子体系中非共价相互作用标注方法和标注系统，其中方法包括：获取目标分子结构的原子坐标信息和预设分辨率的电子密度格点信息；基于电子密度格点信息中电子密度鞍点所在的格点位置确定鞍点位置；利用原子坐标信息确定鞍点位置的归属关系；至少利用鞍点位置的电子密度、一阶梯度和海森矩阵生成鞍点位置的电子密度拓扑特征；利用鞍点位置、归属关系和电子密度拓扑特征标注目标分子结构中的非共价相互作用。本发明提供的技术方案解决提高了标注分子中和分子体系中非共价相互作用的准确性。
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公开(公告)号：CN115713979A
公开(公告)日：2023-02-24
申请号：CN202110953612.2
申请日：2021-08-19
申请人： 北京望石智慧科技有限公司
IPC分类号： G16C20/30 , G16C20/70 , G06N3/0464 , G06N3/08
摘要： 本发明公开了一种非共价相互作用模型训练、识别方法和系统，其中识别方法包括：获取待识别分子结构的空间结构信息；将待识别分子结构的空间结构信息输入基于电子密度预设的识别模型，并通过识别模型生成待识别分子结构中非共价相互作用的位置坐标和拓扑特征。本发明提供的技术方案解决了分子体系中非共价相互作用识别不准确的问题。
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公开(公告)号：CN113421610A
公开(公告)日：2021-09-21
申请号：CN202110803688.7
申请日：2021-07-15
申请人： 北京望石智慧科技有限公司
发明人： 殷实秋
摘要： 本发明提供一种分子叠合构象确定方法、装置以及存储介质，其中，方法包括：获取候选分子任一采样构象；根据目标算法确定候选分子采样构象的最优旋转平移变换，得到第一候选分子采样构象；对第一候选分子采样构象进行局部优化，得到第二候选分子采样构象；根据第二候选分子采样构象与参考分子构象，得到相似度结果；重复执行获取候选分子任一采样构象至根据第二候选分子采样构象与参考分子构象，得到相似度结果的步骤，直至满足目标条件，得到候选分子多个采样构象的相似度结果；根据多个相似度结果，确定候选分子的叠合构象。通过实施本发明，直接在局部使用梯度下降寻找最接近参考分子构象的构象，从而显著减少构象采样数，进而减少计算量。
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