公开(公告)号：CN116705160A

公开(公告)日：2023-09-05

申请号：CN202310718964.9

申请日：2023-06-16

申请人： 北京源生康泰基因科技有限公司

发明人： 余乐 ,  李寅虎 ,  武志慧 ,  高军涛 ,  杜鹏程 ,  刘树青

IPC分类号： G16B20/30 ,  G16B30/10 ,  G16B40/00 ,  G16B20/50

摘要： 本发明涉及基因组测序技术领域，具体涉及一种基于纳米孔测序数据的病原宏基因组分析方法，首先在第一轮比对中，通过并行Kraken2、Centrifuge、Pandora和Minimap2四种快速比对软件和算法实现了针对典型数据(1Gb纳米孔测序数据)的物种初步判别；在第二轮和第三轮验证分析中，使用精确比对算法BLAST分别将上一轮判别的各个物种的读段与该物种参考序列及本样本识别到的其他病原参考序列进行交叉比对验证，有效减少了精确比对的计算量。通过Minimap2与耐药基因/点突变数据库进行比对，并通过blast精确比对算法进行耐药基因/点突变的识别。通过构建该方法和系统，实现了典型纳米孔测序病原宏基因组数据在30min内的准确分析和报告生成，并有效兼容二代测序数据分析。