公开(公告)号：CN109182504B

公开(公告)日：2022-01-04

申请号：CN201811145695.7

申请日：2018-09-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 蔡亚非 ,  杨帆 ,  李君 ,  陈芳慧 ,  李莲 ,  李惠侠 ,  王根林 ,  韩兆玉 ,  马腾月 ,  吕成龙

IPC: C12Q1/6883 ,  C12Q1/6869 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明涉及奶牛乳腺炎关键SNPs位点rs20438858及2b‑RAD基因分型和分析方法，包括如下步骤：建库测序；生物信息学分析：数据过滤、酶切序列提取、数据比对、SNP分型、全基因组关联分析。采用BayesA模型和Logistic回归模型对奶牛临床乳腺炎表型性状进行全基因组关联分析（GWAS）。相对于现有技术，本发明的有益效果为：相对于RADseq，2b‑RAD测序技术具有以下几点优点：1、酶切片段长短均一，不需要后续筛选；2、酶切片段不需要添加“Y”型接头；3、步骤简单；4、每个样本测序成本低；5、测序耗时短。本发明还构建两种全基因组关联分析模型（BayesA和Logistics）；3、筛选到一个中国荷斯坦奶牛乳腺炎关键SNPs位点及对应基因（TNFRSF21）。

公开(公告)号：CN109182538B

公开(公告)日：2022-01-04

申请号：CN201811146231.8

申请日：2018-09-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 蔡亚非 ,  杨帆 ,  李君 ,  陈芳慧 ,  江孝俊 ,  袁露 ,  马腾月 ,  吕成龙 ,  李莲 ,  李惠侠 ,  王根林 ,  韩兆玉

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6858 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明涉及奶牛乳腺炎关键SNPs位点rs88640083及2b‑RAD基因分型和分析方法，包括如下步骤：建库测序；生物信息学分析：数据过滤、酶切序列提取、数据比对、SNP分型、全基因组关联分析。采用BayesA模型和Logistic回归模型对奶牛临床乳腺炎表型性状进行全基因组关联分析（GWAS）。相对于现有技术，本发明的有益效果为：相对于RADseq，2b‑RAD测序技术具有以下几点优点：1、酶切片段长短均一，不需要后续筛选；2、酶切片段不需要添加“Y”型接头；3、步骤简单；4、每个样本测序成本低；5、测序耗时短。本发明还构建两种全基因组关联分析模型（BayesA和Logistics）；3、筛选到一个中国荷斯坦奶牛乳腺炎关键SNPs位点及对应基因（SYK）。

公开(公告)号：CN109182505A

公开(公告)日：2019-01-11

申请号：CN201811146220.X

申请日：2018-09-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 蔡亚非 ,  杨帆 ,  李君 ,  陈芳慧 ,  江孝俊 ,  袁露 ,  马腾月 ,  吕成龙 ,  李莲 ,  李惠侠 ,  王根林 ,  韩兆玉

IPC: C12Q1/6883 ,  C12N15/11 ,  G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G16B50/00

Abstract: 本发明涉及奶牛乳腺炎关键SNPs位点rs75762330及2b-RAD基因分型和分析方法，包括如下步骤：建库测序；生物信息学分析：数据过滤、酶切序列提取、数据比对、SNP分型、全基因组关联分析。采用BayesA模型和Logistic回归模型对奶牛临床乳腺炎表型性状进行全基因组关联分析（GWAS）。相对于现有技术，本发明的有益效果为：相对于RADseq，2b-RAD测序技术具有以下几点优点：1、酶切片段长短均一，不需要后续筛选；2、酶切片段不需要添加“Y”型接头；3、步骤简单；4、每个样本测序成本低；5、测序耗时短。本发明还构建两种全基因组关联分析模型（BayesA和Logistics）；3、筛选到一个中国荷斯坦奶牛乳腺炎关键SNPs位点及对应基因（PTK2B）。

公开(公告)号：CN109182538A

公开(公告)日：2019-01-11

申请号：CN201811146231.8

申请日：2018-09-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 蔡亚非 ,  杨帆 ,  李君 ,  陈芳慧 ,  江孝俊 ,  袁露 ,  马腾月 ,  吕成龙 ,  李莲 ,  李惠侠 ,  王根林 ,  韩兆玉

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6858 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明涉及奶牛乳腺炎关键SNPs位点rs88640083及2b-RAD基因分型和分析方法，包括如下步骤：建库测序；生物信息学分析：数据过滤、酶切序列提取、数据比对、SNP分型、全基因组关联分析。采用BayesA模型和Logistic回归模型对奶牛临床乳腺炎表型性状进行全基因组关联分析（GWAS）。相对于现有技术，本发明的有益效果为：相对于RADseq，2b-RAD测序技术具有以下几点优点：1、酶切片段长短均一，不需要后续筛选；2、酶切片段不需要添加“Y”型接头；3、步骤简单；4、每个样本测序成本低；5、测序耗时短。本发明还构建两种全基因组关联分析模型（BayesA和Logistics）；3、筛选到一个中国荷斯坦奶牛乳腺炎关键SNPs位点及对应基因（SYK）。

公开(公告)号：CN109182505B

公开(公告)日：2022-01-04

申请号：CN201811146220.X

申请日：2018-09-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 蔡亚非 ,  杨帆 ,  李君 ,  陈芳慧 ,  江孝俊 ,  袁露 ,  马腾月 ,  吕成龙 ,  李莲 ,  李惠侠 ,  王根林 ,  韩兆玉

IPC: C12Q1/6883 ,  C12N15/11 ,  G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G16B50/00

Abstract: 本发明涉及奶牛乳腺炎关键SNPs位点rs75762330及2b‑RAD基因分型和分析方法，包括如下步骤：建库测序；生物信息学分析：数据过滤、酶切序列提取、数据比对、SNP分型、全基因组关联分析。采用BayesA模型和Logistic回归模型对奶牛临床乳腺炎表型性状进行全基因组关联分析（GWAS）。相对于现有技术，本发明的有益效果为：相对于RADseq，2b‑RAD测序技术具有以下几点优点：1、酶切片段长短均一，不需要后续筛选；2、酶切片段不需要添加“Y”型接头；3、步骤简单；4、每个样本测序成本低；5、测序耗时短。本发明还构建两种全基因组关联分析模型（BayesA和Logistics）；3、筛选到一个中国荷斯坦奶牛乳腺炎关键SNPs位点及对应基因（PTK2B）。

公开(公告)号：CN109182504A

公开(公告)日：2019-01-11

申请号：CN201811145695.7

申请日：2018-09-29

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 蔡亚非 ,  杨帆 ,  李君 ,  陈芳慧 ,  李莲 ,  李惠侠 ,  王根林 ,  韩兆玉 ,  马腾月 ,  吕成龙

IPC: C12Q1/6883 ,  C12Q1/6869 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明涉及奶牛乳腺炎关键SNPs位点rs20438858及2b-RAD基因分型和分析方法，包括如下步骤：建库测序；生物信息学分析：数据过滤、酶切序列提取、数据比对、SNP分型、全基因组关联分析。采用BayesA模型和Logistic回归模型对奶牛临床乳腺炎表型性状进行全基因组关联分析（GWAS）。相对于现有技术，本发明的有益效果为：相对于RADseq，2b-RAD测序技术具有以下几点优点：1、酶切片段长短均一，不需要后续筛选；2、酶切片段不需要添加“Y”型接头；3、步骤简单；4、每个样本测序成本低；5、测序耗时短。本发明还构建两种全基因组关联分析模型（BayesA和Logistics）；3、筛选到一个中国荷斯坦奶牛乳腺炎关键SNPs位点及对应基因（TNFRSF21）。