公开(公告)号：CN114154396A

公开(公告)日：2022-03-08

申请号：CN202111305379.3

申请日：2021-11-05

Applicant: 南京邮电大学

Inventor： 郭丽 ,  姜雯雯 ,  夏道良

IPC: G06F30/27 ,  G06K9/62 ,  G06F119/02

Abstract: 本发明属于生物信息领域，公开了一种跨物种编码多肽sORF的预测方法，整合了sORF数据库中人和小鼠、TAIR数据库中拟南芥以及NCBI数据库中部分原核生物的可编码蛋白的DNA序列，并通过数据过滤策略和负样本产生策略构建各物种相应的正负样本；提取序列特征，并利用最大相关最小冗余和增量选择的方法对训练集进行特征筛选，得到不同方法对应的最佳特征集，构建肽编码sORF预测模型；利用贪婪的网格搜索方法进行参数优化，构建基于支持向量机的最佳预测模型，并通过灵敏度、特异度、准确率和马修斯相关系数对预测模型经行评估。本方法有助于分类识别肽编码sORFs，对肽编码sORFs的研究和基因注释有重要意义。

公开(公告)号：CN112837744A

公开(公告)日：2021-05-25

申请号：CN202110174715.9

申请日：2021-02-07

Applicant: 南京邮电大学

Inventor： 郭丽 ,  康一浩 ,  窦宇阳 ,  熊依琪 ,  颜小强 ,  夏道良

IPC: G16B15/30 ,  G16H50/80

Abstract: 本发明公开了一种前列腺癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法，整合TCGA和GTEx数据库的前列腺癌基因表达数据集，分别进行差异基因表达分析和加权基因共表达网络分析，筛选差异表达的关键模块基因；通过WGCNA分析和Cox比例风险回归分析得到关键基因，将得到的关键基因，miRNA，lncRNA通过其相互作用关系构建ceRNA网络，并根据lncRNA,miRNA和hub gene在PRAD中的表达趋势进行评估，结合生存分析得到与PRAD预后显著相关的ceRNA调控网，便于进行疾病的早期诊断，设计靶向药物的精准治疗。

公开(公告)号：CN116144661A

公开(公告)日：2023-05-23

申请号：CN202310060578.5

申请日：2023-01-19

Applicant: 南京邮电大学

Inventor： 郭丽 ,  夏道良 ,  任得康 ,  任玉杰 ,  熊仕正 ,  向阳洋

IPC: C12N15/113 ,  A61K31/713 ,  A61P35/00 ,  A61P29/00

Abstract: 本发明公开了一种抑制hsa_circ_0000825基因表达的干扰RNA及其应用。上述干扰RNA为siRNA，其正义链包含siRNA1:5′‑GACUGAAAGAGGAUGAGUU‑3′；siRNA2:5′‑UGAAAGAGGAUGAGUUAGA‑3′和/或，反义链包含如下核苷酸序列：siRNA1:5′‑AACUCAUCCUCUUUCAGUC‑3′；siRNA2:5′‑UCUAACUCAUCCUCUUUCA‑3′的核苷酸序列，其可有效抑制胆管癌细胞中hsa_circ_0000825基因表达，为预防或治疗hsa_circ_0000825相关疾病提供了新的选择。

公开(公告)号：CN112837744B

公开(公告)日：2023-07-28

申请号：CN202110174715.9

申请日：2021-02-07

Applicant: 南京邮电大学

Inventor： 郭丽 ,  康一浩 ,  窦宇阳 ,  熊依琪 ,  颜小强 ,  夏道良

IPC: G16B15/30 ,  G16H50/80

Abstract: 本发明公开了一种前列腺癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法，整合TCGA和GTEx数据库的前列腺癌基因表达数据集，分别进行差异基因表达分析和加权基因共表达网络分析，筛选差异表达的关键模块基因；通过WGCNA分析和Cox比例风险回归分析得到关键基因，将得到的关键基因，miRNA，lncRNA通过其相互作用关系构建ceRNA网络，并根据lncRNA,miRNA和hub gene在PRAD中的表达趋势进行评估，结合生存分析得到与PRAD预后显著相关的ceRNA调控网，便于进行疾病的早期诊断，设计靶向药物的精准治疗。