公开(公告)号：CN106191258A

公开(公告)日：2016-12-07

申请号：CN201610563254.3

申请日：2016-07-14

Applicant: 塔里木大学

Inventor： 贺建忠 ,  刘坤 ,  陈宏伟 ,  王永 ,  常卫华 ,  白万胜 ,  郭心怀

IPC: C12Q1/68 ,  G01N33/68

CPC classification number: C12Q1/686 ,  G01N33/68 ,  C12Q2545/101 ,  C12Q2561/113

Abstract: 本发明公开了一种EPS形成相关基因检测实验方法，包括以下步骤：刚果红平板法定性生物膜形成菌株；活化；收菌；总RNA反转录；PCR扩增基因片段；聚丙烯酰胺凝胶电泳检测；Real-time PCR检测SluxS和icaD基因表达；Western Blot检测SluxS和icaD基因表达。本发明的方法操作简便、结果准确，WB检测结果与RT-PCR检测结果的趋势基本一致。

公开(公告)号：CN105893789A

公开(公告)日：2016-08-24

申请号：CN201610231482.0

申请日：2016-04-10

Applicant: 塔里木大学

Inventor： 贺建忠 ,  刘坤 ,  陈宏伟 ,  王永 ,  常卫华 ,  白万胜 ,  郭心怀

IPC: G06F19/24 ,  G06F19/16 ,  G06F19/12

CPC classification number: G16B5/00 ,  G16B15/00 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种显著性分析方法，分别利用fisher精确检验和χ2检验，分别得到p值和p(k)值，通过多重比较检验，确定pathway的FDR。在小样本的情况下，通常使用随机方差模型的t检验或F检验进行差异基因筛选；对于两种类型的差异基因，采用t检验来鉴别差异性。发明为了减少小样本造成的差异筛选误差，利用随机方差模型修正的T检验对两组进行比较，计算基因间的显著性水平和误判率，从而得到差异的基因，该方法具有准确度高的特点，适合推广应用。