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公开(公告)号：CN110767262B
公开(公告)日：2021-02-26
申请号：CN201910879727.4
申请日：2019-09-18
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于结构的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导高亲和力核酸适配体的优化设计；进而采用核酸适配体表面结合能的能貌图评估设计方案。本发明已用于特异结合毒素GTX1/4的核酸适配体GO18‑T‑d的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为75.63 nM。通过优化得到GO18‑T‑d的一个截短型核酸适配体(GO18‑T‑d_S)，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了20倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN110718265B
公开(公告)日：2021-02-26
申请号：CN201910835138.6
申请日：2019-09-05
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核苷酸三级结构预测技术领域，具体为一种靶向生物毒素的G‑四联体式核酸适配体三级结构预测方法。本发明方法包括：G‑四联体二级结构预测；G‑四联体三级拓扑构型预测；核酸适配体末端补全和结构优化；温度依赖型分子动力学模拟（包括两个过程：恒温分子动力学模拟和升温分子动力学模拟）；采用RMSD分析方法获得最稳定核酸三级结构模型。本发明方法已用于预测靶向膝沟藻毒素的特异性核酸适配体序列GO18‑T‑d的三级结构，该序列为已知的通过指数富集配基进化技术筛选得到G‑四联体式适配体序列，通过圆二色谱实验检测到其G‑四联体构型为平行式G‑四联体构型，预测结果与圆二色谱实验检测结果完全吻合，证明本预测方法具有良好的准确性。
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公开(公告)号：CN110767262A
公开(公告)日：2020-02-07
申请号：CN201910879727.4
申请日：2019-09-18
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于结构的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导高亲和力核酸适配体的优化设计；进而采用核酸适配体表面结合能的能貌图评估设计方案。本发明已用于特异结合毒素GTX1/4的核酸适配体GO18-T-d的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为75.63 nM。通过优化得到GO18-T-d的一个截短型核酸适配体(GO18-T-d_S)，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了20倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN110718265A
公开(公告)日：2020-01-21
申请号：CN201910835138.6
申请日：2019-09-05
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核苷酸三级结构预测技术领域，具体为一种靶向生物毒素的G-四联体式核酸适配体三级结构预测方法。本发明方法包括：G-四联体二级结构预测；G-四联体三级拓扑构型预测；核酸适配体末端补全和结构优化；温度依赖型分子动力学模拟（包括两个过程：恒温分子动力学模拟和升温分子动力学模拟）；采用RMSD分析方法获得最稳定核酸三级结构模型。本发明方法已用于预测靶向膝沟藻毒素的特异性核酸适配体序列GO18-T-d的三级结构，该序列为已知的通过指数富集配基进化技术筛选得到G-四联体式适配体序列，通过圆二色谱实验检测到其G-四联体构型为平行式G-四联体构型，预测结果与圆二色谱实验检测结果完全吻合，证明本预测方法具有良好的准确性。
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