公开(公告)号：CN115819523A

公开(公告)日：2023-03-21

申请号：CN202211218440.5

申请日：2022-10-05

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  秦琴 ,  姜欣怡 ,  杜文豪 ,  朱海霞

IPC: C07K14/165 ,  C12N15/50 ,  C12N15/70 ,  C07K1/26 ,  C07K1/22 ,  C07K1/34 ,  C07K1/36 ,  C12N1/21 ,  A61K39/215 ,  A61P31/14 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种靶向新冠病毒S蛋白受体结合域的三价蛋白的优化设计方法。本发明采用竞争性结合RBD的抗新冠病毒小蛋白miniACE2作为单价药效蛋白，选择天然存在且低免疫原性的T4噬菌体纤维蛋白C‑末端foldon结构域作为三聚化支架；基于S蛋白的结构信息设计长度和柔性不同的接头序列，构建出多个候选三价重组蛋白，通过分子动力学模拟探究其结构特性如构象稳定性、构象异质性以及自组装效率，最后用实验方法验证其相关理化性质及功能。经实验验证，本发明设计得到的三价蛋白MP‑5ff具有很高的S蛋白结合亲和性和极佳的构象稳定性和自组装效率，是潜在的抗新冠病毒蛋白药物。

公开(公告)号：CN113129996B

公开(公告)日：2022-04-12

申请号：CN202110304532.4

申请日：2021-03-22

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  颜志超 ,  刘建平 ,  李园园 ,  宋梦华

IPC: G16B5/00 ,  G16B35/00 ,  G16B50/00 ,  G16C10/00 ,  C12N15/115

Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于分子动力学模拟的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导核酸适配体序列的截短优化。本发明已用于特异结合毒素TTX的核酸适配体TTX‑27的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为90.73nM。通过优化得到TTX‑27的一个截短型核酸适配体(TTX‑D2)，适配体序列截去13个碱基，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了2倍；说明本优化方法是合理且有效的。

公开(公告)号：CN113186191A

公开(公告)日：2021-07-30

申请号：CN202110392665.1

申请日：2021-04-13

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  李园园 ,  刘建平 ,  宋梦华 ,  颜志超

IPC: C12N15/115 ,  G01N33/53 ,  G16C10/00

Abstract: 本发明公开了一种靶向河豚毒素的高亲和性DNA适配体及其获得方法和用途。本发明选有可能与TTX结合的DNA适配体Anti‑vWF；然后使用碱基T替换Anti‑vWF中的非天然碱基获得其变体Tv‑51，并利用分子对接及分子动力学模拟软件研究Tv‑51与TTX的结合过程与模式；最后用微量热泳动实验验证。另外，我们对之前已发现的TTX适配体AI‑57进行了优化设计，获得亲和力更高的变体AI‑52，测得的平衡解离常数为6.61 nM。这两个适配体的亲和力均高于已报道的TTX适配体。本发明确定的适配体Tv‑51和AI‑52用于检测河豚毒素，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。

公开(公告)号：CN110272881A

公开(公告)日：2019-09-24

申请号：CN201910581265.8

申请日：2019-06-29

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  薛冬梅 ,  汤洪海 ,  朱海霞 ,  杜文豪

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/90

Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种来源于酿脓链球菌的CRISPR核酸酶SpCas9的截短型高特异性变异体及其应用。本发明中的CRISPR-Cas9（TSpCas9-V1/V2）核酸酶属于CRISPR-Cas9系统，TSpCas9-V1核酸酶将截短型CRISPR-Cas9（TSpCas9）核酸酶的第863位的氨基酸H突变成N，TSpCas9-V2核酸酶将截短型CRISPR-Cas9（TSpCas9）核酸酶的第862位的氨基酸H突变成A，将第863位的氨基酸H突变成N；该截短型高特异性变异体具有与野生型CRISPR-Cas9核酸酶相当的基因编辑活性，能够降低基因编辑中的脱靶，因而能用于对基因组DNA片段特定位置的精准编辑。

公开(公告)号：CN102232960B

公开(公告)日：2013-08-21

申请号：CN201010155942.9

申请日：2010-04-23

Applicant: 复旦大学

Inventor： 余龙 ,  丁丽娅 ,  黄维雪 ,  黄强 ,  唐丽莎

IPC: A61K31/704 ,  A61K31/353 ,  A61P35/00

Abstract: 本发明属于医药及基因工程领域，涉及组合物表儿茶素没食子酸酯(ECG)与柔红霉素(DNR)及其应用。本发明提供了一种抑制肿瘤细胞增殖组合物，该组合物含有表儿茶素没食子酸酯和柔红霉素。该组合物用于制备抗肿瘤药物，可以大大降低DNR的心脏毒性，大大增强DNR的抗肿瘤效果，同时相对减少了DNR的用量及药物成本。由于ECG是天然的茶叶提取物，而茶叶又是全世界三分之二的人口经常饮用的饮料。不仅资源丰富，价格低廉，经过了千年以上的饮用，几乎没有毒副作用。ECG作为DNR的辅助药物使用，为一种新的高效价廉抗肿瘤药物的配伍方案，提高了肿瘤的抑制率，降低了肿瘤患者的治疗成本。

公开(公告)号：CN102156823A

公开(公告)日：2011-08-17

申请号：CN201110040325.9

申请日：2011-02-18

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  徐旻 ,  张雪莲 ,  王洪海 ,  万波

IPC: G06F19/10

Abstract: 本发明属于蛋白质结构预测和药物分子虚拟筛选技术领域，具体为一种靶向作用于蛋白激酶非活性构象的化合物筛选方法。本发明包括蛋白激酶活性链段构象预测方法，从激酶的DFG-in活性构象来产生相应的DFG-out非活性构象；还包含II型抑制剂对接后结合构象的挑选方法，用于构象预测和虚拟筛选中小分子的挑选。本发明已经在7种已知非活性构象的蛋白激酶上进行了计算验证，成功率接近96%。本发明方法已用于预测结核杆菌的PknB蛋白激酶的非活性构象，并虚拟筛选了PknB可能的II型抑制剂，经抑菌实验验证，已发现2种小分子已证明具有抑菌作用。

公开(公告)号：CN101182320A

公开(公告)日：2008-05-21

申请号：CN200710172182.0

申请日：2007-12-13

Applicant: 复旦大学

Inventor： 王洪海 ,  王菲菲 ,  沈洪波 ,  黄强 ,  胡海荣 ,  徐胜凤 ,  王虹军

IPC: C07D403/12 ,  A61K31/4155 ,  A61P31/06

Abstract: 本发明属医药技术领域，具体为一种能抵制结核杆菌生长的化合物及其应用。该化合物为5－[3－(3，5－二甲基－1－氢－吡唑)－2－羟基－丙氧基]－2－甲基－1－(p－苯甲基)吲哚－3－羧酸，在对结核杆菌生长的体外抑制试验中，能够显著的抑制结核杆菌的生长。其中，化合物对结核杆菌H37Ra的最小抑菌浓度(MIC)为0.2μg/ml；对标准有毒株H37Rv的最小抑菌浓度(MIC)为0.1μg/ml；化合物对结核杆菌临床耐药菌株的最小抑菌浓度(MIC)为0.1μg/ml。该化合物可用于制备治疗结核病及其他微生物引起的疾病的药物。

公开(公告)号：CN114990123A

公开(公告)日：2022-09-02

申请号：CN202210626699.7

申请日：2021-04-13

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  李园园 ,  刘建平 ,  宋梦华 ,  颜志超

IPC: C12N15/115 ,  G01N33/53 ,  G16C10/00

Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为靶向河豚毒素的高亲和性DNA适配体及其获得方法和用途。本发明对之前已发现的TTX适配体AI‑57（平衡解离常数为28.34 nM）进行了优化设计，获得亲和力更高的变体AI‑52，测得的平衡解离常数为6.61 nM。该适配体的亲和力高于已报道的TTX适配体。本发明确定的适配体AI‑52用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。

公开(公告)号：CN112210587B

公开(公告)日：2021-04-30

申请号：CN202010924315.0

申请日：2020-09-04

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  宋梦华 ,  刘建平 ,  颜志超 ,  李园园

IPC: C12Q1/6811 ,  C12N15/115

Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于单核苷酸分子对接的核酸适配体设计方法。本发明从靶标小分子的实验结构出发，通过水合对接获得结合在靶标小分子周围的核苷酸位置；随后将离散的核苷酸组装为完整的核酸适配体；最后采用MST实验检测所设计核酸适配体与靶标小分子的结合能力。本发明已用于毒素小分子冈田酸(OA)的核酸适配体设计中；该毒素是一种分布广泛的海洋生物毒素，会导致腹泻型贝类中毒，因此检测海产品中的OA对于食品安全具有重要意义。通过计算方法设计得到靶向OA的核酸适配体OA‑D1，MST实验验证该核酸适配体与OA的平衡解离常数为75.6 nM；说明该计算设计方法是合理且有效的。

公开(公告)号：CN110241098B

公开(公告)日：2021-04-30

申请号：CN201910488074.7

申请日：2019-06-05

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  杜文豪 ,  汤洪海 ,  薛冬梅

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/63

Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种来源于酿脓链球菌的CRISPR核酸酶SpCas9的截短型高特异性变体及其应用。本发明Cas9核酸酶变体（THSpCas9），属于CRISPR‑Cas9系统，具有野生型CRISPR‑Cas9核酸酶基因编辑功能，CRISPR‑Cas9核酸酶是将野生型CRISPR‑Cas9核酸的氨基酸序截掉8个即第494‑501位的氨基酸后重组所得到;野生型CRISPR‑Cas9核酸酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示，或者，所述CRISPR‑Cas9核酸酶含有如SEQ ID NO.1所示90%的氨基酸序列，即SEQ ID NO.2。采用所述Cas9核酸酶变体（THSpCas9）能够提高编辑特异性，实现对基因组DNA片段的特定位置的精准编辑。