公开(公告)号：CN113789396B

公开(公告)日：2024-01-23

申请号：CN202111078574.7

申请日：2021-09-15

Applicant: 复旦大学附属中山医院

Inventor： 杨蕙沁 ,  胥丰恺 ,  金星 ,  程涛 ,  张欢 ,  詹成 ,  古杰 ,  葛棣

IPC: C12Q1/689 ,  G16B40/00 ,  G16H50/70 ,  G16H50/20 ,  C12R1/01

Abstract: 本发明公开了一种用于检测食管癌患者特定肠道菌群占比的基因组合物及其应用。本发明的基因组合物包括基因SNX3、AKIRIN2、TMEM87B、STEAP3、PPME1、LGALS7B、ARFRP1、STX11、RP11‑295P9.3和RP11‑434D12.1。本发明运用LASSO回归(套索回归)和二分类Logistic回归筛选与肠道菌群占比相关的基因，并构建评分Score，通过ROC曲线分析得到食管癌中对应评分的截断值，可用于食管癌患者相关肠道菌群的占比的推测。本发明基于基因组合物构建的评分模型经验证，具有准确性高，特异性好的优点，有很好的应用前景。

公开(公告)号：CN116334229A

公开(公告)日：2023-06-27

申请号：CN202310431266.0

申请日：2023-04-20

Applicant: 复旦大学附属中山医院

Inventor： 程涛 ,  杨蕙沁 ,  黄小龙 ,  胥丰恺 ,  古杰 ,  詹成 ,  葛棣

IPC: C12Q1/6886 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/6851

Abstract: 本发明公开了一种用于评估食管癌患者Toll样受体相关基因评分和预后的试剂盒。本发明试剂盒包括用于检测基因CD36、LGR4、MAP2K3、NINJ1、PIK3R1和TRAF3的试剂，本发明首先基于生物信息学分析，得到了通过检测食管癌患者基因以评估Toll样受体相关基因评分的方法显著相关的6个基因，并基于这6个基因构建了相应的评分模型，通过ROC曲线获得了评分截断值，该评分模型用于评估实际患者的预后情况显示出良好的准确性，因此，本发明的试剂盒可通过临床上已广泛应用的RNA测序技术判定食管癌患者肿瘤组织的基因序列，并通过测序结果计算基因的表达量，具有经济实惠，准确性高、灵敏度和特异性好的优点。

公开(公告)号：CN114134228A

公开(公告)日：2022-03-04

申请号：CN202111175274.0

申请日：2021-10-09

Applicant: 复旦大学附属中山医院

Inventor： 张欢 ,  金星 ,  单光耀 ,  毕国澍 ,  李明 ,  杨蕙沁 ,  詹成 ,  王群

IPC: C12Q1/6886 ,  G16B20/30

Abstract: 本发明提供一种评估PI3K/Art/mTOR通路相关基因突变的试剂盒、系统、计算机可读储存介质及其应用，涉及医疗诊断技术领域。所述试剂盒包括检测KRT5、RPL21、NDUFB4、TK1、AQP1、NCLN、PGM1、SMARCA4、INPPL1、TIMM9、SMYD5、NDUFAF2、STMN3,FRAT2、P3H3、MORC4、TFAP2A、IRX2、RASL11A、SPINK5、PRR4、IRS4和CLDN6基因表达量或基因表达相关物质及其产物含量的试剂。所述系统包括数据采集模块、突变评估模块和输出模块。所述计算机可读储存介质包括完成上述系统的程序。本发明所述采用临床已有检测项目的基因作为检测对象，能够在较低检测成本的基础上对PI3K/Art/mTOR通路相关基因突变进行较高准确度的预测。

公开(公告)号：CN114134228B

公开(公告)日：2024-05-03

申请号：CN202111175274.0

申请日：2021-10-09

Applicant: 复旦大学附属中山医院

Inventor： 张欢 ,  金星 ,  单光耀 ,  毕国澍 ,  李明 ,  杨蕙沁 ,  詹成 ,  王群

IPC: C12Q1/6886 ,  G16B20/30

Abstract: 本发明提供一种评估PI3K/Akt/mTOR通路相关基因突变的试剂盒、系统、计算机可读储存介质及其应用，涉及医疗诊断技术领域。所述试剂盒包括检测KRT5、RPL21、NDUFB4、TK1、AQP1、NCLN、PGM1、SMARCA4、INPPL1、TIMM9、SMYD5、NDUFAF2、STMN3,FRAT2、P3H3、MORC4、TFAP2A、IRX2、RASL11A、SPINK5、PRR4、IRS4和CLDN6基因表达量或基因表达相关物质及其产物含量的试剂。所述系统包括数据采集模块、突变评估模块和输出模块。所述计算机可读储存介质包括完成上述系统的程序。本发明所述采用临床已有检测项目的基因作为检测对象，能够在较低检测成本的基础上对PI3K/Akt/mTOR通路相关基因突变进行较高准确度的预测。

公开(公告)号：CN113789396A

公开(公告)日：2021-12-14

申请号：CN202111078574.7

申请日：2021-09-15

Applicant: 复旦大学附属中山医院

Inventor： 杨蕙沁 ,  胥丰恺 ,  金星 ,  程涛 ,  张欢 ,  詹成 ,  古杰 ,  葛棣

IPC: C12Q1/689 ,  G16B40/00 ,  G16H50/70 ,  G16H50/20 ,  C12R1/01

Abstract: 本发明公开了一种用于检测食管癌患者特定肠道菌群占比的基因组合物及其应用。本发明的基因组合物包括基因SNX3、AKIRIN2、TMEM87B、STEAP3、PPME1、LGALS7B、ARFRP1、STX11、RP11‑295P9.3和RP11‑434D12.1。本发明运用LASSO回归(套索回归)和二分类Logistic回归筛选与肠道菌群占比相关的基因，并构建评分Score，通过ROC曲线分析得到食管癌中对应评分的截断值，可用于食管癌患者相关肠道菌群的占比的推测。本发明基于基因组合物构建的评分模型经验证，具有准确性高，特异性好的优点，有很好的应用前景。