公开(公告)号：CN115273977A

公开(公告)日：2022-11-01

申请号：CN202210837114.6

申请日：2022-07-15

Applicant: 大连海事大学

Inventor： 马宝山 ,  刘玉 ,  张树正 ,  李奥 ,  郭悦吉 ,  王赟杰

IPC: G16B20/30 ,  G16B40/20 ,  G06N20/20 ,  G06N5/00 ,  G06K9/62

Abstract: 本发明公开了一种基于XGBoost的癌旁组织中DNA甲基化预测方法，包括获取癌组织、癌旁组织甲基化数据集，构建癌组织、癌旁组织训练矩阵以及癌组织、癌旁组织测试矩阵；获取癌旁组织训练矩阵中所有CpG位点的相关CpG位点集合，构建训练特征数据集；获取癌旁组织测试矩阵中所有CpG位点的相关CpG位点集合，构建测试特征数据集；构建XGBoost模型，通过训练特征数据集训练XGBoost模型，根据训练后的XGBoost模型依次对癌旁组织测试矩阵中所有相关CpG位点集合进行预测，获取预测值，根据测试特征数据集和预测值对模型进行评价，当满足评价条件时保存模型，根据模型对癌旁组织的甲基化数据进行预测。提高了预测癌旁组织中的甲基化数据的准确率，准确表达癌旁组织中的甲基化水平。

公开(公告)号：CN116758993A

公开(公告)日：2023-09-15

申请号：CN202310718721.5

申请日：2023-06-16

Applicant: 大连海事大学

Inventor： 马宝山 ,  申忆文 ,  刘玉

IPC: G16B40/00 ,  G16B20/30 ,  G16B5/00 ,  G06F18/211 ,  G06F18/214 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08

Abstract: 本发明公开了一种集成多组学特征的DNA甲基化预测方法，包括确定待预测CpG位点，获取癌旁组织中CpG位点的多组学特征集，获取癌组织中CpG位点的甲基化特征集，基于Pearson相关系数分别计算癌组织CpG位点的甲基化特征与癌旁组织的miRNA、mRNA、甲基化特征之间的相关系数，根据相关系数的取值分别选择K个miRNA、Q个mRNA、L个甲基化特征，并构建多组学相关特征集，基于深度神经网络构建DNA甲基化预测模型，根据多组学相关特征集对DNA甲基化预测模型进行训练，计算训练后的DNA甲基化预测模型的评估指标，当评估指标满足阈值时获取评估后的DNA甲基化预测模型，根据评估后的DNA甲基化预测模型对癌组织的甲基化进行预测。提高了DNA甲基化的预测准确性。