一种基于字符切片技术的含PAM结构gRNA靶向序列筛选方法及应用

    公开(公告)号:CN109411022A

    公开(公告)日:2019-03-01

    申请号:CN201811317917.9

    申请日:2018-11-07

    IPC分类号: G16B30/10 G16B45/00

    摘要: 本发明属于基因工程领域,尤其涉及一种基于字符切片技术的含PAM(Protospacer Adjacent Motif)结构gRNA靶向序列筛选方法及应用系统。包括以下步骤:(1)读入目标基因的脱氧核苷酸(DNA)序列文件数据;(2)交互式界面输入需要分析筛选的PAM序列;(3)解读PAM模块将指定PAM基序转换成字符列表;(4)比较子字符串模块将PAM基序转换成字符列表逐一与移动窗口序列给定位置进行比较,并判断逻辑关系。(5)全程搜索模块在给定的DNA序列及其反向互补序列中搜索满足条件的序列并存储到空列表中。(6)文件输出模块将结果以文本或电子表格形式呈现。本发明解决了现有技术无法实现对给定DNA序列中筛选含有任意PAM识别基序的gRNA靶序列的筛选问题,为下一步gRNA靶序列的评估和选择奠定技术基础。