公开(公告)号：CN104298894B

公开(公告)日：2017-10-20

申请号：CN201410480038.3

申请日：2014-09-17

申请人： 山东建筑大学 ,  河南省烟草公司洛阳市公司

发明人： 刘振栋 ,  马宏伟 ,  叶红朝 ,  赵世民 ,  倪明琨 ,  刘芳含 ,  江凯 ,  李恒武 ,  孙庆霞 ,  杨朝晖 ,  于庆华 ,  高贻明

IPC分类号： G06F19/22

摘要： 本发明提供一种基于k茎的核糖核酸(RNA)假结结构的预测方法及装置，预测方法包括以下步骤：输入一段核糖核酸碱基序列；定义假结、k(k≥1)茎；从左向右查找RNA碱基和k茎，对查找出的所有k茎进行确定标记；根据k茎的交叉形成假结的特性，查找假结；计算出包含k茎的核糖核酸假结结构的最小自由能量；输出核糖核酸的假结结构。本发明所涉及的方法的搜索速度快、正确率高，敏感性和特异性等方面都优于其他相关算法，如PKNOTS算法等。本方法在平面假结的预测上比PKNOTS算法更有效。

公开(公告)号：CN104298894A

公开(公告)日：2015-01-21

申请号：CN201410480038.3

申请日：2014-09-17

申请人： 山东建筑大学

发明人： 刘振栋 ,  马宏伟 ,  倪明琨 ,  李恒武 ,  赵世民 ,  杨朝晖 ,  于庆华 ,  高贻明

IPC分类号： G06F19/22

摘要： 本发明提供一种基于k茎的核糖核酸(RNA)假结结构的预测方法及装置，预测方法包括以下步骤：输入一段核糖核酸碱基序列；定义假结、k(k≥1)茎；从左向右查找RNA碱基和k茎，对查找出的所有k茎进行确定标记；根据k茎的交叉形成假结的特性，查找假结；计算出包含k茎的核糖核酸假结结构的最小自由能量；输出核糖核酸的假结结构。本发明所涉及的方法的搜索速度快、正确率高，敏感性和特异性等方面都优于其他相关算法，如PKNOTS算法等。本方法在平面假结的预测上比PKNOTS算法更有效。