公开(公告)号：CN117954095A

公开(公告)日：2024-04-30

申请号：CN202410151303.7

申请日：2024-02-02

申请人： 广东省科学院微生物研究所(广东省微生物分析检测中心) ,  广东科环生物科技有限公司

发明人： 吴清平 ,  黄惠书 ,  李滢 ,  黄士轩 ,  陈谋通 ,  吴毓薇 ,  赵昕宇 ,  陈惠元 ,  谢新强 ,  吴磊 ,  高鹤 ,  赵辉

IPC分类号： G16H50/30 ,  G16B20/00 ,  G16B40/20 ,  G06F18/241

摘要： 本发明公开了一种结合机器学习及MALDI‑TOF MS的幽门螺杆菌快速鉴定系统。本发明基于一个囊括121株Hp及来自26个属、37个种不同胃部微生物、共5890张菌株蛋白指纹图谱数据的基础上，利用机器学习建立了12个独立的Hp蛋白指纹识别模型，并开发了一套综合上述12个模型鉴定待测菌株是否为Hp的快速鉴定系统Hp_pred。检测者仅需使用少量待测菌株的菌体进行简单的预处理，后在MALDI‑TOF MS质谱仪进行检测，即可在数分钟内实现对待测菌株是否为Hp的鉴定，经测试准确率达到100％。与现有的蛋白指纹图谱鉴定系统相比，Hp_pred系统具有鉴定准确度高、泛化能力强的技术优势，应用前景巨大。

公开(公告)号：CN116426660A

公开(公告)日：2023-07-14

申请号：CN202310293094.5

申请日：2023-03-24

申请人： 广东省科学院微生物研究所(广东省微生物分析检测中心) ,  广东环凯生物科技有限公司 ,  广东科环生物科技有限公司

发明人： 高鹤 ,  李滢 ,  吴清平 ,  谢新强 ,  张菊梅 ,  丁郁 ,  王涓 ,  薛亮 ,  陈谋通 ,  黄惠书 ,  吴诗 ,  古其会

IPC分类号： C12Q1/689 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q1/686 ,  C12R1/01

摘要： 本发明公开了脆弱拟杆菌及脆弱拟杆菌BFS17的特异性新分子靶标及其快速检测方法。所述的脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)的分子靶标核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的脆弱拟杆菌BFS17的分子靶标核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明采用泛基因组方法获得脆弱拟杆菌及益生菌株脆弱拟杆菌BFS17的特异性核心基因，设计获得能灵敏检测脆弱拟杆菌及益生菌株脆弱拟杆菌BFS17的特征引物，同时该方法能快速、简便地区分脆弱拟杆菌、益生菌株脆弱拟杆菌BFS17及其它微生物菌株。本发明具有操作简便快捷、特异性高、可定量、检测费用低廉的优点。

公开(公告)号：CN118866074A

公开(公告)日：2024-10-29

申请号：CN202410837092.2

申请日：2024-06-26

申请人： 广东省科学院微生物研究所(广东省微生物分析检测中心) ,  广东科环生物科技有限公司

发明人： 吴清平 ,  邝祖鹏 ,  李滢 ,  黄士轩 ,  吴毓薇 ,  赵昕宇 ,  谢新强 ,  陈谋通 ,  黄惠书 ,  商燕燕 ,  刘泽锟 ,  张菊梅

IPC分类号： G16B5/00 ,  G16B40/00 ,  G16B20/30 ,  G16B30/10

摘要： 本发明公开了一种结合机器学习和MALDI‑TOF MS的幽门螺杆菌耐药诊断系统。该系统基于我国的HP临床菌株MALDI‑TOF MS蛋白组学数据库，利用LightGBM算法分别构建了菌株对于克拉霉素和左氧氟沙星两种抗生素耐药的机器学习预测模型，模型对于克拉霉素和左氧氟沙星的AUROC分别为0.82和0.86，accuracy分别为0.75和0.72。HP_res_pred通过对HP的多张蛋白指纹图谱数据分别调用模型、智能统计并输出耐药预测结果。与现有技术相比，HP_res_pred系统具有耗时短、成本低、菌株用量少、同时可检测两种药物耐药性、预测准确性高及操作简便等优势，应用前景巨大。