公开(公告)号：CN110791813B

公开(公告)日：2023-06-16

申请号：CN201810864455.6

申请日：2018-08-01

申请人： 广州华大基因医学检验所有限公司 ,  深圳华大基因股份有限公司 ,  深圳华大医学检验实验室

发明人： 王晶晶 ,  刘继龙 ,  宋炎 ,  刘磊 ,  叶明芝 ,  谭美华

IPC分类号： C40B50/06 ,  C12Q1/6858

摘要： 对单链DNA进行处理的方法及应用，本发明涉及基因测序领域，具体涉及一种基于单链DNA构建文库的方法。所述方法包括：在所述单链DNA的3’末端连接第一接头，所述第一接头上连接有结合剂，所述第一接头包括两条部分互补的链，所述两条部分互补的链分别为第一条链和第二条链，其中，所述第二条链比所述第一条链多5～10个碱基；利用吸附剂对经过所述第一接头连接的单链DNA进行吸附，以便去除掉所述第二条链，从而获得含有所述单链DNA的双链DNA。通过本发明的方法构建基因文库，分子利用率高，建库用到的样本起始量低，而且最低检出限更低。

公开(公告)号：CN108251502A

公开(公告)日：2018-07-06

申请号：CN201711446648.1

申请日：2017-12-27

申请人： 深圳华大基因股份有限公司 ,  广州华大基因医学检验所有限公司 ,  天津华大医学检验所有限公司 ,  华大生物科技(武汉)有限公司

发明人： 宋炎 ,  刘磊 ,  叶明芝 ,  王晶晶 ,  刘继龙 ,  谭美华 ,  茅矛

IPC分类号： C12Q1/6806

摘要： 本申请公开了一种外周血游离肿瘤DNA的富集方法、试剂盒及其应用。本申请的富集方法，包括采用PAP探针对cfDNA文库进行肿瘤DNA片段捕获，并以PAP探针为引物，以捕获的肿瘤DNA片段为模板，进行扩增；PAP探针从5’端到3’端由通用引物序列和特异识别序列组成，特异识别序列3’端包括至少30bp的与肿瘤DNA片段杂交互补的序列，PAP探针3’末端为双脱氧核苷酸。本申请的富集方法，通过PAP探针对靶标肿瘤DNA片段进行捕获，并利用PAP探针进行延伸；特异性好，捕获效率高；保证了富集产物的纯度，为后续的测序提供了保障。本申请的富集方法，为cfDNA的临床检测提供了一种新的游离肿瘤DNA富集方案。

公开(公告)号：CN108251502B

公开(公告)日：2021-12-24

申请号：CN201711446648.1

申请日：2017-12-27

申请人： 深圳华大基因股份有限公司 ,  广州华大基因医学检验所有限公司 ,  天津华大医学检验所有限公司 ,  华大生物科技(武汉)有限公司

发明人： 宋炎 ,  刘磊 ,  叶明芝 ,  王晶晶 ,  刘继龙 ,  谭美华 ,  茅矛

IPC分类号： C12Q1/6806

摘要： 本申请公开了一种外周血游离肿瘤DNA的富集方法、试剂盒及其应用。本申请的富集方法，包括采用PAP探针对cfDNA文库进行肿瘤DNA片段捕获，并以PAP探针为引物，以捕获的肿瘤DNA片段为模板，进行扩增；PAP探针从5’端到3’端由通用引物序列和特异识别序列组成，特异识别序列3’端包括至少30bp的与肿瘤DNA片段杂交互补的序列，PAP探针3’末端为双脱氧核苷酸。本申请的富集方法，通过PAP探针对靶标肿瘤DNA片段进行捕获，并利用PAP探针进行延伸；特异性好，捕获效率高；保证了富集产物的纯度，为后续的测序提供了保障。本申请的富集方法，为cfDNA的临床检测提供了一种新的游离肿瘤DNA富集方案。

公开(公告)号：CN109207557A

公开(公告)日：2019-01-15

申请号：CN201710551477.2

申请日：2017-07-07

申请人： 深圳华大基因股份有限公司 ,  广州华大基因医学检验所有限公司

发明人： 张盼 ,  叶明芝 ,  程少敏 ,  王晶晶 ,  李志隆

IPC分类号： C12Q1/6806 ,  C40B50/06

摘要： 一种适用于下一代测序平台的低起始量建库方法，包括：DNA片段化；末端修复；用磁珠纯化末端修复产物，并保留磁珠在体系中；接头连接；用磁珠纯化接头连接产物两次，并去除磁珠；以纯化的接头连接产物为模板，进行PCR扩增；用磁珠筛选第一次PCR扩增产物；将片段筛选的产物与芯片进行杂交；用磁珠对杂交产物进行捕获，然后通过洗脱去除非捕获目的基因和其它杂质；以洗脱后的带磁珠的DNA为模板进行PCR扩增，以进一步放大目的基因信号；用磁珠纯化第二次PCR扩增产物两次。本发明的方法可同时检测SNV、Indel、融合和CNV四种突变类型样本，建库起始量降低至100ng以下，可以满足绝大多数穿刺样本的检测。

公开(公告)号：CN107365867A

公开(公告)日：2017-11-21

申请号：CN201710786937.X

申请日：2017-09-04

申请人： 天津华大医学检验所有限公司 ,  广州华大基因医学检验所有限公司 ,  深圳华大基因股份有限公司

发明人： 宋炎 ,  张乐橦 ,  刘磊 ,  李普均 ,  张盼 ,  王晶晶 ,  李志隆 ,  刘继龙 ,  叶明芝

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12N15/11

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2563/159 ,  C12Q2563/107

摘要： 本发明涉及一种用于检测基因组目标区域的引物组合物及其应用，具体涉及通过血浆游离DNA和数字PCR检测肺癌的EGFR突变位点的引物组合物，及其组成的检测试剂盒及应用。本发明引物组合物对应相同的模板区域，在同一扩增反应中发挥作用，能够保证扩增特异性前提下提高扩增效率，适用于扩增低拷贝数的短片段模板，且所述引物组合物具有高灵敏性，能够检测EGFR基因23种热点低频突变，需要样本量低，适用于血浆等液体样本检测效果好，还可兼顾完整基因。

公开(公告)号：CN110791813A

公开(公告)日：2020-02-14

申请号：CN201810864455.6

申请日：2018-08-01

申请人： 广州华大基因医学检验所有限公司 ,  深圳华大基因股份有限公司 ,  深圳华大临床检验中心

发明人： 王晶晶 ,  刘继龙 ,  宋炎 ,  刘磊 ,  叶明芝 ,  谭美华

IPC分类号： C40B50/06 ,  C12Q1/6858

摘要： 对单链DNA进行处理的方法及应用，本发明涉及基因测序领域，具体涉及一种基于单链DNA构建文库的方法。所述方法包括：在所述单链DNA的3’末端连接第一接头，所述第一接头上连接有结合剂，所述第一接头包括两条部分互补的链，所述两条部分互补的链分别为第一条链和第二条链，其中，所述第二条链比所述第一条链多5～10个碱基；利用吸附剂对经过所述第一接头连接的单链DNA进行吸附，以便去除掉所述第二条链，从而获得含有所述单链DNA的双链DNA。通过本发明的方法构建基因文库，分子利用率高，建库用到的样本起始量低，而且最低检出限更低。