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发明公开
从古DNA数据中过滤现代DNA污染的方法及其应用审中-实审转让

公开(公告)号：CN110970086A

公开(公告)日：2020-04-07

申请号：CN201811161836.4

申请日：2018-09-30

申请人： 深圳华大生命科学研究院

发明人： 兰天明 , 徐文浩 , 罗忻 , 郭小森

IPC分类号： G16B5/00 , G16B20/30 , G16B30/00

摘要： 本申请公开了一种从古DNA数据中过滤现代DNA污染的方法及其应用。本申请过滤现代DNA污染的方法，包括对古DNA的Illumina二代测序原始数据进行古DNA特征过滤，具体包括根据古DNA脱氨基特征对Illumina二代测序原始数据进行现代DNA污染过滤，即过滤后保留古DNA脱氨基造成的5’端至少N个C->T突变，和/或3’端至少M个C->T突变的读长。本申请的方法，能对目前广泛使用的Illumina平台数据进行处理，本申请采用最适合于古DNA的对比对算法和参数，在适合的N和M值下，能使过滤后的污染率达到0，是目前为止过滤强度最大的方法之一，为后续的古DNA的深入研究奠定了基础。