公开(公告)号：CN117187410A

公开(公告)日：2023-12-08

申请号：CN202311218053.6

申请日：2023-09-20

申请人： 神农种业实验室 ,  河南农业大学

发明人： 康相涛 ,  王克君 ,  李文婷 ,  高超群 ,  杜文苹 ,  雷艳茹 ,  闫森森 ,  孙桂荣 ,  田亚东

IPC分类号： C12Q1/6888 ,  C12Q1/6837

摘要： 本发明涉及一种地方鸡中低密度10K全基因组SNP液相芯片及其应用。本发明通过全基因组重测序技术获得地方鸡58个品种的955个个体的全基因组遗传信息，通过严格筛选获得45669个SNP分子标记组成的基础数据集，再进一步遴选出10046个SNP分子标记，并以遴选的SNP分子标记为检测靶点构建SNP液相芯片。本发明的SNP液相芯片具有目标区域数据覆盖度和均一性好、基因分型检出率高的优势，极大地降低了基因组分型成本。同时，计算其与高密度40K全基因组SNP液相芯片亲缘系数矩阵，平均相关系数达到95.18％，证明在采用基因组选择技术进行分子育种时，可以代替40K SNP的液相芯片，实现快速低成本。

公开(公告)号：CN117604115A

公开(公告)日：2024-02-27

申请号：CN202311218054.0

申请日：2023-09-20

申请人： 河南农业大学

发明人： 康相涛 ,  李文婷 ,  王克君 ,  田凯元 ,  闫森森 ,  高超群 ,  张晨曦 ,  田翊翔 ,  韩瑞丽 ,  田亚东 ,  孙桂荣 ,  蒋瑞瑞 ,  李东华 ,  李国喜

IPC分类号： C12Q1/6888 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6869 ,  G16B20/20

摘要： 本发明涉及一种地方鸡40K全基因组SNP液相芯片及其应用。本发明通过全基因组重测序技术获得中国地方鸡58个品种的955个个体的全基因组遗传信息，通过严格筛选获得45669个SNP分子标记，其中40595个源于鸡参考基因组，其余5074个源于鸡泛序列。以获得的SNP分子标记为检测靶点的地方鸡40K全基因组液相芯片，可以通过靶向捕获高通量测序技术进行基因分型，经检测分型检出率达99.6％，且一致性良好。随机品种SNP分型验证说明，本发明的液相芯片分型与基因组重测序相比，主成分分析结果一致性极高。本发明的液相芯片为中国地方鸡遗传资源鉴定、遗传资源保护提供了重要的技术支撑。