構造探索方法、構造探索装置、構造探索用プログラム、及び相互作用ポテンシャル特定方法

    公开(公告)号:JP2021192199A

    公开(公告)日:2021-12-16

    申请号:JP2020098832

    申请日:2020-06-05

    Abstract: 【課題】複数の化合物残基が連結した化合物の安定構造を探索する際に、相互作用ポテンシャルが未知の化合物基が化合物に含まれる場合でも、当該化合物の安定構造を精度よく探索できる構造探索方法、構造探索装置、構造探索用プログラム、及び相互作用ポテンシャル特定方法を提供する。 【解決手段】複数の化合物残基が連結した化合物の安定構造を探索する、コンピュータによる構造探索方法であって、複数の化合物残基の内の化合物残基xと化合物残基yとの間の相互作用ポテンシャルを特定する工程と、前記相互作用ポテンシャルを考慮して、三次元格子空間に前記化合物の立体構造を特定する工程と、を含む。相互作用ポテンシャルを特定する工程が、化合物残基x及びyに対し、飽和基含有構造部分を付加して得られた、化合物誘導体x及びyにおける、飽和基含有構造部分が相互作用を生じないようにパラメータを設定して、相互作用ポテンシャルを特定する。 【選択図】図27

    出現頻度算出プログラム、グラフィックス プロセッシング ユニット、情報処理装置、及び出現頻度算出方法

    公开(公告)号:JP2021192187A

    公开(公告)日:2021-12-16

    申请号:JP2020098766

    申请日:2020-06-05

    Inventor: 本田 巧

    Abstract: 【課題】出現頻度算出において、アトミック処理の実行回数を抑制する 【解決手段】 情報処理装置が有するGPU(グラフィックス プロセッシング ユニット)に実行させるプログラムであって、複数のスレッドで構成されるスレッドグループを1以上構築する構築処理と、前記スレッドグループは、構成するスレッドと同一数のデータを含むデータ群を入力データから取得する取得処理と、前記スレッドグループの複数のスレッドそれぞれは、前記データ群のうち1つのデータを担当し、前記スレッドは、自スレッドが担当するデータの第1の数値が前記データ群において重複しない場合、前記第1の数値の出現頻度を記憶する第1記憶領域に1を加算し、前記第1の数値が前記データ群において重複する場合、自スレッドが前記第1の数値のデータを担当するスレッド群に1つ存在する代表スレッドであるとき、前記第1記憶領域に前記重複する数を示す重複数を加算する加算処理と、を実行する。 【選択図】 図13

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