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公开(公告)号：JP2019535081A
公开(公告)日：2019-12-05
申请号：JP2019517830
申请日：2017-10-05
申请人： ナントミクス,エルエルシー
发明人： バッセイ,キンバリー ジェイ. , シスネロス,ルイス
IPC分类号： C12Q1/02 , C12Q1/6886 , G16B20/50
摘要： 癌におけるストレス誘導性突然変異誘発のためのオミクスシグネチャーおよびそれに関連する方法を提供する。有利には、シグネチャーを特徴づけることができ、スコアを計算してそれがなければオミクスデータから得ることができない治療法のための有用なガイダンスを提供することができる。 【選択図】図15
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公开(公告)号：JP6533011B2
公开(公告)日：2019-06-19
申请号：JP2018510056
申请日：2016-08-25
申请人： ナントミクス,エルエルシー
发明人： サンボーン,ジョン ザキャリー
IPC分类号： G16B30/00
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公开(公告)号：JP2019513982A
公开(公告)日：2019-05-30
申请号：JP2018548162
申请日：2017-03-17
申请人： ナントミクス,エルエルシー
发明人： ヤウ,クリスティーナ , チェッキ,ファビオラ , ヘンブロウグ,トッド
摘要： プロテオミクスデータを使用して、NSCLCのシスプラチン/ペメトレキセド療法の治療転帰を予測する。とりわけ、ERCC1は、2値マーカーとして用いられ得、タンパク質の存在または不在が、質量分析により測定され、追加のタンパク質は、特にPFSの予測のためのさらなる予測マーカーとして利用され得る。 【選択図】図1
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公开(公告)号：JP2019023871A
公开(公告)日：2019-02-14
申请号：JP2018152970
申请日：2018-08-15
申请人： ナントミクス,エルエルシー
发明人： ベンズ,ステファン,チャールズ , ラビザデフ,シャフルーズ , スートゥー,クリストファー , ウェインガーテン,ポール , タオ,チュンリン
摘要： 【課題】患者の細胞の1つまたは複数の特徴に基づいて、特定的な治療が特定的な患者に対して有効であるかどうかを判定するための診断テストを特定する装置、システムおよび方法を提供する。 【解決手段】1つまたは複数の病気を治療する潜在的能力を有する治療が開発されたとき、係る薬剤は病気に関する異なる細胞株に対して異なる効果を有する。機械学習システムは、治療に対する異なる細胞株の感度データとの望ましい相関関係を有する測定可能な細胞の特徴を多数の異なる測定可能な細胞の特徴から推測するようプログラムされる。機械学習システムは、次に、治療を投与することを推奨するために患者が示すべき細胞の特徴の閾値レベルを相関関係に基づいて判定するようプログラムされる。 【選択図】図1
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公开(公告)号：JP2019016361A
公开(公告)日：2019-01-31
申请号：JP2018145013
申请日：2018-08-01
申请人： ナントミクス,エルエルシー
发明人： ゼトー,クリストファー
摘要： 【課題】複数の異なる細胞型および薬物にわたり応答予測因子のライブラリーを構築するシステム及び方法を提供する。 【解決手段】先験的な既知の細胞系ゲノミクスおよび薬物応答データを用いる。予測力においてかなりのゲインを有する応答予測因子を同定するために実際の患者データを用いて選択された応答予測因子の統計的分析が次いで使用され、応答予測因子が薬物に対して感受性を示す場合に同定された応答予測因子に関連する薬物が処置のために次いで選択される。 【選択図】図2A
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公开(公告)号：JP2018507470A
公开(公告)日：2018-03-15
申请号：JP2017537902
申请日：2016-01-19
申请人： ナントミクス,エルエルシー
发明人： スゼット,クリストファー
IPC分类号： G06F19/24
CPC分类号： G16H50/20 , C12Q1/6886 , C12Q2600/106 , G06F19/18 , G06F19/24 , G06F19/3437 , G06F19/345 , G16H50/50
摘要： 企図されるシステムおよび方法は、高悪性度膀胱癌であると診断された患者に対する化学療法の転帰の予測を可能にするものである。特に好ましい態様では、機械学習に基づくモデルを用いて予測を実施し、このモデルは最小限の所定の精度上昇率を有するものであり、このように特定されたモデルは、転帰予測に用いるオミクスデータに固有性および重み係数を付与する。【選択図】図2
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公开(公告)号：JP2021019631A
公开(公告)日：2021-02-18
申请号：JP2020181541
申请日：2020-10-29
申请人： ナントミクス,エルエルシー
发明人： バスク,チャールズ ジョゼフ , ベンツ,ステファン チャールズ
IPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q1/6886
摘要： 【課題】チェックポイント阻害剤での免疫療法および治療に応答する患者を同定するための組成物および方法を提供する。 【解決手段】患者の腫瘍の試料のオーミクスのデータを使用する、チェックポイント阻害剤を使用した免疫療法に関する治療のアウトカムのより正確な予測のためのシステムおよび方法を開示する。一態様では、経路のシグネチャーを、免疫抑制に関連しており、かつ免疫チェックポイント阻害剤での治療に応答していると、同定する方法を開示する。 【選択図】図2
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公开(公告)号：JP2020515978A
公开(公告)日：2020-05-28
申请号：JP2019553417
申请日：2018-03-28
申请人： ナントミクス,エルエルシー
发明人： サンボーン,ジョン ザッカリー , ベンツ,スティーブン チャールズ , パルカー,ラーフル
IPC分类号： G16B50/40
摘要： 既知のSNP位置での結果及び患者のオミクスデータにおけるそれぞれのアレル頻度を使用して、患者のオミクスデータを表す一意のハッシュが構築される。最も好ましい態様では、既知のSNP位置は特定のファクタ(例えば、民族性、性別等)について選択され、アレル割合は、非線形尺度の値で表される。通常、ハッシュは、既知のSNP位置及び非線形尺度に関連するヘッダ/メタデータを含み、実際のハッシュ文字列を更に含む。 【選択図】図1
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公开(公告)号：JP2019534685A
公开(公告)日：2019-12-05
申请号：JP2019510972
申请日：2017-08-25
申请人： ナントミクス,エルエルシー
发明人： グェン,アンドリュー , サンボーン,ジョン ザッカリー , ラビザデ,シャルーズ
IPC分类号： A61P35/00 , A61P37/04 , A61K39/00 , A61K35/12 , A61K45/00 , A61K48/00 , A61K39/395 , A61P43/00 , A61K35/17 , A61K35/761 , G01N33/50 , C12Q1/68
摘要： 患者の腫瘍試料のオミクスデータを使用する、免疫療法の治療結果を予測するためのシステムと方法を提示する。最も典型的には、オミクスデータを処理して、免疫療法の治療アウトカムを予測する主要な指標としての変異シグネチャー(特にAPOBEC/POLEシグネチャー)、免疫チェックポイント発現、及びMSIステータスを特定する。このような予測によって、通常なら個別に考慮した際に予測アウトカムをゆがめる様々なパラメータが有利に統合される。 【選択図】図1
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公开(公告)号：JP2019526851A
公开(公告)日：2019-09-19
申请号：JP2019502045
申请日：2017-07-17
发明人： スゼト,クリストファー , ベンツ,スティーブン,チャールズ , ウィッチェイ,ニコラス,ジェイ.
摘要： 分散型オンライン機械学習システムを提供する。想定されるシステムは、それぞれがローカルプライベートデータを有する多くのプライベートデータサーバを含む。研究者は、プライベートデータの匿名化を要求することなくまたはプライベートデータを無許可のコンピューティングシステムに晒すことなく、関連するプライベートデータサーバが、機械学習アルゴリズムの実装をそれらのローカルプライベートデータでトレーニングすることを要求できる。また、プライベートデータサーバは、実際のデータのデータ分布に従って合成データまたはプロキシデータを生成する。サーバは、プロキシデータを使用してプロキシモデルをトレーニングする。プロキシモデルがトレーニング済み実モデルと十分に類似している場合、プロキシデータ、プロキシモデルパラメータ、または他の学習された知識を1つまたは複数の非プライベート演算デバイスに送信できる。多くのプライベートデータサーバから学習された知識は、プライベートデータを公開することなく、1つ以上のトレーニング済みグローバルモデルに集約できる。 【選択図】図1
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