公开(公告)号：US20070264698A1

公开(公告)日：2007-11-15

申请号：US11599672

申请日：2006-11-14

申请人： Volker Schellenberger ,  Donald Naki ,  Thomas Morrison

发明人： Volker Schellenberger ,  Donald Naki ,  Thomas Morrison

IPC分类号： C12P1/04 ,  G06G7/48

CPC分类号： G16C20/60 ,  G16B15/00 ,  G16B30/00 ,  G16B35/00

摘要： Methods of creating libraries of biological polymers are provided. The construction of a library employs a probability matrix for a reference sequence, and a constraint vector for which is applied to the probability matrix to produce a substitution scheme. The substitution scheme is then used to generate a library comprising substitutions recommended by the substitution scheme. The library members, or host cells comprising and/or expressing them, can be screened for desired changes in a property of interest in the biological polymers in the library.

摘要翻译： 提供了生成生物聚合物库的方法。 图书馆的构建使用参考序列的概率矩阵，并将其约束向量应用于概率矩阵以产生替代方案。 然后将替代方案用于生成包含取代方案推荐的取代的文库。 文库成员或包含和/或表达它们的宿主细胞可以筛选出在文库中的生物聚合物中感兴趣的性质的期望变化。

公开(公告)号：US20050003430A1

公开(公告)日：2005-01-06

申请号：US10893452

申请日：2004-07-16

申请人： Donald Naki ,  Ayrookaran Poulose

发明人： Donald Naki ,  Ayrookaran Poulose

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G01N33/53 ,  G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G01N33/53 ,  G16Z99/00

摘要： An approach for detecting polymers and polymer fragments by analyzing mass analysis data of mixtures that include labeled versions of the polymers is disclosed. A library of polymer fragments is generated based on the possible fragments of a parent polymer. For each fragment in the library, a theoretical mass for both a natural version and a labeled version is generated. The labeled version may be based on a heavier isotope of an element. Data from a mass analysis, such as a mass spectrographic analysis, is received and automatically analyzed to identify whether a mass doublet is observed for each fragment in the library. The mass doublets correspond to the mass peaks of the natural and labeled versions of the fragments in the library. A determination is made whether a particular mass peak is from a labeled parent polymer or whether the particular mass peak is from an unlabeled source.

摘要翻译： 公开了通过分析包括聚合物的标记形式的混合物的质量分析数据来检测聚合物和聚合物片段的方法。 基于母体聚合物的可能碎片产生聚合物片段文库。 对于库中的每个片段，生成自然版本和标记版本的理论质量。 标记的版本可以基于元素的较重的同位素。 接收质量分析的数据，例如质谱分析，并自动分析数据，以确定是否观察到文库中每个片段的质量双峰。 质量双峰对应于文库中片段的天然和标记版本的质谱峰。 确定特定质量峰是来自标记的母体聚合物还是特定质量峰值来自未标记的来源。