公开(公告)号：US20050123993A1

公开(公告)日：2005-06-09

申请号：US10730267

申请日：2003-12-09

申请人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank Hollinger ,  William Chiang

发明人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank Hollinger ,  William Chiang

IPC分类号： G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G01N33/53 ,  G01N33/569 ,  G06F19/00

CPC分类号： G01N33/5695 ,  G16B15/00

摘要： Methods and systems for determining the affinity between polypeptide amino acid residues and one or more molecular fragments, and for using the affinity values to aid in drug design including a computer simulation which calculates the interaction energy between a polypeptide and at least one molecular fragment. An affinity value is then assigned to at least one fragment and residue pair if the fragment is in the vicinity of the residue. Affinity values are used to rank fragments, build ligands and determine binding sites.

摘要翻译： 用于确定多肽氨基酸残基与一个或多个分子片段之间的亲和力的方法和系统，以及用于使用亲和力值来辅助药物设计，包括计算多肽与至少一个分子片段之间的相互作用能的计算机模拟。 如果片段在残基附近，则将亲和力值分配给至少一个片段和残基对。 亲和力值用于对片段进行排序，构建配体并确定结合位点。

公开(公告)号：US20050123995A1

公开(公告)日：2005-06-09

申请号：US10920234

申请日：2004-08-18

申请人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank Hollinger ,  William Chiang

发明人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank Hollinger ,  William Chiang

IPC分类号： C12Q20060101 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G01N33/53 ,  G01N33/569 ,  G06F17/00 ,  G06F17/30 ,  G06F19/00 ,  G06F19/16

CPC分类号： G01N33/5695 ,  G06F19/16 ,  G06F19/701 ,  G06F19/706

摘要： A method implemented in the form of a computer simulation code for evaluating the free energy of binding between polypeptide amino acid residues and one or more molecular fragment types is presented. The basis of the method is a novel weighted Metropolis Monte Carlo approach for sampling the grand canonical ensemble. By making use of the properties of the grand canonical ensemble, the affinity of fragments for binding in the vicinity of each protein residue can be efficiently computed. The binding volume associated to each fragment-residue pair is estimated on the basis of a simple proximity criteria, and a useful affinity mapping of the protein surface can be obtained in this way. The analysis of such data for various fragment types provides valuable information to help identify protein binding sites, as well as to identify key fragments used for building potential drug leads.

摘要翻译： 提出了一种用于评估多肽氨基酸残基与一种或多种分子片段类型之间的结合自由能的计算机模拟代码形式的方法。 该方法的基础是一种新颖的加权大都会蒙特卡罗方法，用于抽样大规模集合。 通过利用大规模集合的性质，可以有效地计算片段在每个蛋白质残基附近的结合亲和力。 基于简单的接近标准估计与每个片段 - 残基对相关联的结合体积，并且可以以这种方式获得蛋白质表面的有用亲和力图谱。 对于各种片段类型的这种数据的分析提供了有价值的信息，以帮助鉴定蛋白质结合位点，以及鉴定用于构建潜在药物引线的关键片段。

公开(公告)号：US07415361B2

公开(公告)日：2008-08-19

申请号：US10920234

申请日：2004-08-18

申请人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank P. Hollinger ,  William Chiang

发明人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank P. Hollinger ,  William Chiang

IPC分类号： G06F17/00 ,  G06F17/30

CPC分类号： G01N33/5695 ,  G06F19/16 ,  G06F19/701 ,  G06F19/706

摘要： A method implemented in the form of a computer simulation code for evaluating the free energy of binding between polypeptide amino acid residues and one or more molecular fragment types is presented. The basis of the method is a novel weighted Metropolis Monte Carlo approach for sampling the grand canonical ensemble. By making use of the properties of the grand canonical ensemble, the affinity of fragments for binding in the vicinity of each protein residue can be efficiently computed. The binding volume associated to each fragment-residue pair is estimated on the basis of a simple proximity criteria, and a useful affinity mapping of the protein surface can be obtained in this way. The analysis of such data for various fragment types provides valuable information to help identify protein binding sites, as well as to identify key fragments used for building potential drug leads.

摘要翻译： 提出了一种用于评估多肽氨基酸残基与一种或多种分子片段类型之间的结合自由能的计算机模拟代码形式的方法。 该方法的基础是一种新颖的加权大都会蒙特卡罗方法，用于抽样大规模集合。 通过利用大规模集合的性质，可以有效地计算片段在每个蛋白质残基附近的结合亲和力。 基于简单的接近标准估计与每个片段 - 残基对相关联的结合体积，并且可以以这种方式获得蛋白质表面的有用亲和力图谱。 对于各种片段类型的这种数据的分析提供了有价值的信息，以帮助鉴定蛋白质结合位点，以及鉴定用于构建潜在药物引线的关键片段。

公开(公告)号：US20050090994A1

公开(公告)日：2005-04-28

申请号：US10702086

申请日：2003-11-06

申请人： David Mosenkis

发明人： David Mosenkis

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： G16C20/50 ,  G16B15/00 ,  G16C20/70

摘要： A method, system, and computer program product are provided to develop a residue fingerprint for a molecular structure (such as a ligand). Based on the residues of a reference structure (such as a protein), a residue fingerprint defines a set of residues that interacts with the molecular structure. Residue fingerprints can be used to compare different poses of a molecular structure with a reference pose of the same molecular structure, poses of different molecular structures, and/or a different reference three-dimensional structure. Fingerprints are used to define the similarity of structures in terms of binding mode, identify molecules with similar binding modes, or select a subset of molecules that represent the full diversity of binding modes in a larger set. Fingerprints are computed by a van der Waals-based process, and expressed as a list of interacting residues or a binary string representation.

摘要翻译： 提供了一种方法，系统和计算机程序产品来开发分子结构（如配体）的残留指纹。 基于参考结构（如蛋白质）的残基，残基指纹定义了与分子结构相互作用的一组残基。 残留指纹可用于将分子结构的不同姿态与相同分子结构的参考姿势，不同分子结构的姿态和/或不同的参考三维结构进行比较。 指纹用于在结合模式方面界定结构的相似性，识别具有相似结合模式的分子，或者选择代表更大组中结合模式的完全多样性的分子子集。 指纹通过基于范德华基的过程计算，并表示为相互作用残基或二进制串表示的列表。