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    Methods and systems for analyzing and determining ligand-residue interaction
    1.
    发明授权
    Methods and systems for analyzing and determining ligand-residue interaction 失效
    用于分析和测定配体 - 残基相互作用的方法和系统

    公开(公告)号：US07415361B2

    公开(公告)日：2008-08-19

    申请号：US10920234

    申请日：2004-08-18

    申请人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank P. Hollinger ,  William Chiang

    发明人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank P. Hollinger ,  William Chiang

    IPC分类号： G06F17/00 ,  G06F17/30

    CPC分类号： G01N33/5695 ,  G06F19/16 ,  G06F19/701 ,  G06F19/706

    摘要： A method implemented in the form of a computer simulation code for evaluating the free energy of binding between polypeptide amino acid residues and one or more molecular fragment types is presented. The basis of the method is a novel weighted Metropolis Monte Carlo approach for sampling the grand canonical ensemble. By making use of the properties of the grand canonical ensemble, the affinity of fragments for binding in the vicinity of each protein residue can be efficiently computed. The binding volume associated to each fragment-residue pair is estimated on the basis of a simple proximity criteria, and a useful affinity mapping of the protein surface can be obtained in this way. The analysis of such data for various fragment types provides valuable information to help identify protein binding sites, as well as to identify key fragments used for building potential drug leads.

    摘要翻译： 提出了一种用于评估多肽氨基酸残基与一种或多种分子片段类型之间的结合自由能的计算机模拟代码形式的方法。 该方法的基础是一种新颖的加权大都会蒙特卡罗方法，用于抽样大规模集合。 通过利用大规模集合的性质，可以有效地计算片段在每个蛋白质残基附近的结合亲和力。 基于简单的接近标准估计与每个片段 - 残基对相关联的结合体积，并且可以以这种方式获得蛋白质表面的有用亲和力图谱。 对于各种片段类型的这种数据的分析提供了有价值的信息，以帮助鉴定蛋白质结合位点，以及鉴定用于构建潜在药物引线的关键片段。

    Methods and systems for analyzing and determining ligand-residue interaction
    2.
    发明申请
    Methods and systems for analyzing and determining ligand-residue interaction 失效
    用于分析和测定配体 - 残基相互作用的方法和系统

    公开(公告)号：US20050123995A1

    公开(公告)日：2005-06-09

    申请号：US10920234

    申请日：2004-08-18

    申请人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank Hollinger ,  William Chiang

    发明人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank Hollinger ,  William Chiang

    IPC分类号： C12Q20060101 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G01N33/53 ,  G01N33/569 ,  G06F17/00 ,  G06F17/30 ,  G06F19/00 ,  G06F19/16

    CPC分类号： G01N33/5695 ,  G06F19/16 ,  G06F19/701 ,  G06F19/706

    摘要： A method implemented in the form of a computer simulation code for evaluating the free energy of binding between polypeptide amino acid residues and one or more molecular fragment types is presented. The basis of the method is a novel weighted Metropolis Monte Carlo approach for sampling the grand canonical ensemble. By making use of the properties of the grand canonical ensemble, the affinity of fragments for binding in the vicinity of each protein residue can be efficiently computed. The binding volume associated to each fragment-residue pair is estimated on the basis of a simple proximity criteria, and a useful affinity mapping of the protein surface can be obtained in this way. The analysis of such data for various fragment types provides valuable information to help identify protein binding sites, as well as to identify key fragments used for building potential drug leads.

    摘要翻译： 提出了一种用于评估多肽氨基酸残基与一种或多种分子片段类型之间的结合自由能的计算机模拟代码形式的方法。 该方法的基础是一种新颖的加权大都会蒙特卡罗方法，用于抽样大规模集合。 通过利用大规模集合的性质，可以有效地计算片段在每个蛋白质残基附近的结合亲和力。 基于简单的接近标准估计与每个片段 - 残基对相关联的结合体积，并且可以以这种方式获得蛋白质表面的有用亲和力图谱。 对于各种片段类型的这种数据的分析提供了有价值的信息，以帮助鉴定蛋白质结合位点，以及鉴定用于构建潜在药物引线的关键片段。

    Methods of determining ligand residue binding affinity
    3.
    发明申请
    Methods of determining ligand residue binding affinity 审中-公开
    确定配体残基结合亲和力的方法

    公开(公告)号：US20050123993A1

    公开(公告)日：2005-06-09

    申请号：US10730267

    申请日：2003-12-09

    申请人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank Hollinger ,  William Chiang

    发明人： Stephan Brunner ,  David Mosenkis ,  Frank Hollinger ,  William Chiang

    IPC分类号： G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G01N33/53 ,  G01N33/569 ,  G06F19/00

    CPC分类号： G01N33/5695 ,  G16B15/00

    摘要： Methods and systems for determining the affinity between polypeptide amino acid residues and one or more molecular fragments, and for using the affinity values to aid in drug design including a computer simulation which calculates the interaction energy between a polypeptide and at least one molecular fragment. An affinity value is then assigned to at least one fragment and residue pair if the fragment is in the vicinity of the residue. Affinity values are used to rank fragments, build ligands and determine binding sites.

    摘要翻译： 用于确定多肽氨基酸残基与一个或多个分子片段之间的亲和力的方法和系统，以及用于使用亲和力值来辅助药物设计，包括计算多肽与至少一个分子片段之间的相互作用能的计算机模拟。 如果片段在残基附近，则将亲和力值分配给至少一个片段和残基对。 亲和力值用于对片段进行排序，构建配体并确定结合位点。

    Configurator using structure and rules to provide a user interface
    6.
    发明授权
    Configurator using structure and rules to provide a user interface 有权
    配置器使用结构和规则提供用户界面

    公开(公告)号：US08812966B2

    公开(公告)日：2014-08-19

    申请号：US12871339

    申请日：2010-08-30

    申请人： Stephan Brunner ,  George Kibilov ,  Elie Rassi ,  Eugene Tchikowani ,  Xiangyang Yao ,  Peter Lim

    发明人： Stephan Brunner ,  George Kibilov ,  Elie Rassi ,  Eugene Tchikowani ,  Xiangyang Yao ,  Peter Lim

    IPC分类号： G06F3/00

    CPC分类号： G06Q30/0621 ,  G06Q30/06 ,  G06Q30/0633

    摘要： A configurator using structure and rules to provide a user interface. According to one embodiment of the invention, a customizable product class is created. The customizable product class includes a set of one or more attributes to define the customizable product class. A component product class is added to the customizable product class, where the component product class is a subclass of the customizable product. A customizable class rule is associated to the customizable product class, the customizable class rule including expressions which provide conditions on component products added to the customizable product. A customizable UI is mapped to the customizable product class, where the customizable UI provides access structure to the configurator.

    摘要翻译： 配置器使用结构和规则来提供用户界面。 根据本发明的一个实施例，创建可定制的产品类。 可定制的产品类包括一组一个或多个属性来定义可定制的产品类。 组件产品类被添加到可定制的产品类中，其中组件产品类是可定制产品的子类。 可定制的类规则与可定制的产品类相关联，可定制的类规则包括为添加到可定制产品中的组件产品提供条件的表达式。 可定制的UI被映射到可定制的产品类，其中可定制的UI为配置器提供访问结构。

    CONFIGURATOR USING STRUCTURE AND RULES TO PROVIDE A USER INTERFACE
    7.
    发明申请
    CONFIGURATOR USING STRUCTURE AND RULES TO PROVIDE A USER INTERFACE 有权
    配置器使用结构和规则来提供用户界面

    公开(公告)号：US20110202422A1

    公开(公告)日：2011-08-18

    申请号：US12871339

    申请日：2010-08-30

    申请人： Stephan Brunner ,  George Kibilov ,  Elie Rassi ,  Eugene Tchikowani ,  Xiangyang Yao ,  Peter Lim

    发明人： Stephan Brunner ,  George Kibilov ,  Elie Rassi ,  Eugene Tchikowani ,  Xiangyang Yao ,  Peter Lim

    IPC分类号： G06Q30/00

    CPC分类号： G06Q30/0621 ,  G06Q30/06 ,  G06Q30/0633

    摘要： A configurator using structure and rules to provide a user interface. According to one embodiment of the invention, a customizable product class is created. The customizable product class includes a set of one or more attributes to define the customizable product class. A component product class is added to the customizable product class, where the component product class is a subclass of the customizable product. A customizable class rule is associated to the customizable product class, the customizable class rule including expressions which provide conditions on component products added to the customizable product. A customizable UI is mapped to the customizable product class, where the customizable UI provides access structure to the configurator.

    摘要翻译： 配置器使用结构和规则来提供用户界面。 根据本发明的一个实施例，创建可定制的产品类。 可定制的产品类包括一组一个或多个属性来定义可定制的产品类。 组件产品类被添加到可定制的产品类中，其中组件产品类是可定制产品的子类。 可定制的类规则与可定制的产品类相关联，可定制的类规则包括为添加到可定制产品中的组件产品提供条件的表达式。 可定制的UI被映射到可定制的产品类，其中可定制的UI为配置器提供访问结构。

    TASK BASED USER INTERFACE
    8.
    发明申请
    TASK BASED USER INTERFACE 有权
    基于任务的用户界面

    公开(公告)号：US20080046834A1

    公开(公告)日：2008-02-21

    申请号：US11931305

    申请日：2007-10-31

    申请人： Jai Yu ,  Karn Choi ,  Stephan Brunner ,  Do Ra ,  Guo Lam ,  Aibek Musaev ,  Ashley Stirrup ,  Tarri Furlong ,  Yong Li

    发明人： Jai Yu ,  Karn Choi ,  Stephan Brunner ,  Do Ra ,  Guo Lam ,  Aibek Musaev ,  Ashley Stirrup ,  Tarri Furlong ,  Yong Li

    IPC分类号： G06F3/048

    CPC分类号： G06Q10/10 ,  G06Q10/06316

    摘要： A facility for guiding users through a series of steps or tasks, often associated with a process, is described. The facility assigns tasks or steps to users having roles identified with the task or step. The role associated with the task or step may change depending on the state of the task or step. When the role associated with a task or step changes, the facility may assign the task or step to another user. The facility guides a user through a task or step by providing instructions and other information, such as data tables and user input fields, that may be used to complete the task or step. The facility provides for the definition of processes by allowing users to specify tasks, steps and instructions relating to processes.

    摘要翻译： 描述了通常与过程相关联的一系列步骤或任务的指导用户的设施。 该设施为任务或步骤识别角色的用户分配任务或步骤。 与任务或步骤相关联的角色可能会根据任务或步骤的状态而改变。 当与任务或步骤相关联的角色发生变化时，设备可以将任务或步骤分配给另一个用户。 该设施通过提供可用于完成任务或步骤的指令和其他信息（例如数据表和用户输入字段）来引导用户完成任务或步骤。 该设施通过允许用户指定与过程相关的任务，步骤和指令来规定流程的定义。

    Configurator using structure and rules to provide a user interface
    9.
    发明授权
    Configurator using structure and rules to provide a user interface 有权
    配置器使用结构和规则提供用户界面

    公开(公告)号：US07788591B2

    公开(公告)日：2010-08-31

    申请号：US11321216

    申请日：2005-12-28

    申请人： Stephan Brunner ,  George Kibilov ,  Elie Rassi ,  Eugene Tchikowani ,  Xiangyang Yao ,  Peter Lim

    发明人： Stephan Brunner ,  George Kibilov ,  Elie Rassi ,  Eugene Tchikowani ,  Xiangyang Yao ,  Peter Lim

    IPC分类号： G06F3/00

    CPC分类号： G06Q30/0621 ,  G06Q30/06 ,  G06Q30/0633

    摘要： A configurator using structure and rules to provide a user interface. According to one embodiment of the invention, a customizable product class is created. The customizable product class includes a set of one or more attributes to define the customizable product class. A component product class is added to the customizable product class, where the component product class is a subclass of the customizable product. A customizable class rule is associated to the customizable product class, the customizable class rule including expressions which provide conditions on component products added to the customizable product. A customizable UI is mapped to the customizable product class, where the customizable UI provides access structure to the configurator.

    摘要翻译： 配置器使用结构和规则来提供用户界面。 根据本发明的一个实施例，创建可定制的产品类。 可定制的产品类包括一组一个或多个属性来定义可定制的产品类。 组件产品类被添加到可定制的产品类中，其中组件产品类是可定制产品的子类。 可定制的类规则与可定制的产品类相关联，可定制的类规则包括为添加到可定制产品中的组件产品提供条件的表达式。 可定制的UI被映射到可定制的产品类，其中可定制的UI为配置器提供访问结构。