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    Ribosomal targets for antibiotic drug discovery
    3.
    发明授权
    Ribosomal targets for antibiotic drug discovery 有权
    用于抗生素药物发现的核糖体靶标

    公开(公告)号：US09441263B2

    公开(公告)日：2016-09-13

    申请号：US14111947

    申请日：2012-04-14

    申请人： Scott C. Blanchard ,  Michael Brian Feldman ,  Leyi Wang ,  James H. Doudna Cate ,  Arto Pulk ,  Roger B. Altman ,  Michael R. Wasserman

    发明人： Scott C. Blanchard ,  Michael Brian Feldman ,  Leyi Wang ,  James H. Doudna Cate ,  Arto Pulk ,  Roger B. Altman ,  Michael R. Wasserman

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/542 ,  G01N33/94

    CPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/542 ,  G01N33/9446 ,  G01N2333/245

    摘要： The present invention relates to methods to identify molecules that binds in the neomycin binding pocket of a bacterial ribosome using structures of an intact bacterial ribosome that reveal how the ribosome binds tRNA in two functionally distinct states, determined by x-ray crystallography. One state positions tRNA in the peptidyl-tRNA binding site. The second, a fully rotated state, is stabilized by ribosome recycling factor (RRF) and binds tRNA in a highly bent conformation in a hybrid peptidyl/exit (P/E) site. Additionally, the invention relates to various assays, including single-molecule assay for ribosome recycling, and methods to identify compounds that interfere with ribosomal function by detecting newly identified intermediate FRET states using known and novel FRET pairs on the ribosome. The invention also provides vectors and compositions with an N-terminally tagged S13 protein.

    摘要翻译： 本发明涉及使用完整的细菌核糖体的结构鉴定在细菌核糖体的新霉素结合口袋中结合的分子的方法，其揭示了核糖体如何通过x射线晶体学确定的两个功能不同的状态结合tRNA。 一个国家在肽基-tRNA结合位点定位tRNA。 第二个完全旋转状态通过核糖体循环因子（RRF）稳定，并在杂交肽基/出口（P / E）位点中以高度弯曲的构象结合tRNA。 此外，本发明涉及各种测定法，包括用于核糖体回收的单分子测定法，以及通过使用核糖体上已知和新的FRET对检测新鉴定的中间FRET状态来鉴定干扰核糖体功能的化合物的方法。 本发明还提供具有N-末端标记的S13蛋白的载体和组合物。

    NEW RIBOSOMAL TARGETS FOR ANTIBIOTIC DRUG DISCOVERY
    4.
    发明申请
    NEW RIBOSOMAL TARGETS FOR ANTIBIOTIC DRUG DISCOVERY 有权
    用于抗生素药物发现的新的RIBOSOMAL目标

    公开(公告)号：US20140127682A1

    公开(公告)日：2014-05-08

    申请号：US14111947

    申请日：2012-04-14

    申请人： Scott C. Blanchard ,  Michael Brian Feldman ,  Leyi Wang ,  James H. Doudna Cate ,  Arto Pulk ,  Roger B. Altman ,  Michael R. Wasserman

    发明人： Scott C. Blanchard ,  Michael Brian Feldman ,  Leyi Wang ,  James H. Doudna Cate ,  Arto Pulk ,  Roger B. Altman ,  Michael R. Wasserman

    IPC分类号： C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/542 ,  G01N33/9446 ,  G01N2333/245

    摘要： The present invention relates to methods to identify molecules that binds in the neomycin binding pocket of a bacterial ribosome using structures of an intact bacterial ribosome that reveal how the ribosome binds tRNA in two functionally distinct states, determined by x-ray crystallography. One state positions tRNA in the peptidyl-tRNA binding site. The second, a fully rotated state, is stabilized by ribosome recycling factor (RRF) and binds tRNA in a highly bent conformation in a hybrid peptidyl/exit (P/E) site. Additionally, the invention relates to various assays, including single-molecule assay for ribosome recycling, and methods to identify compounds that interfere with ribosomal function by detecting newly identified intermediate FRET states using known and novel FRET pairs on the ribosome. The invention also provides vectors and compositions with an N-terminally tagged S13 protein

    摘要翻译： 本发明涉及使用完整的细菌核糖体的结构鉴定在细菌核糖体的新霉素结合口袋中结合的分子的方法，其揭示了核糖体如何通过x射线晶体学确定的两个功能不同的状态结合tRNA。 一个国家在肽基-tRNA结合位点定位tRNA。 第二个完全旋转状态通过核糖体循环因子（RRF）稳定，并在杂交肽基/出口（P / E）位点中以高度弯曲的构象结合tRNA。 此外，本发明涉及各种测定法，包括用于核糖体回收的单分子测定法，以及通过使用核糖体上已知和新的FRET对检测新鉴定的中间FRET状态来鉴定干扰核糖体功能的化合物的方法。 本发明还提供具有N-末端标记的S13蛋白的载体和组合物