本发明公开了一种应用于飞机总装配的惯导水平测量方法。包括如下步骤：1)将飞机调平，并使得激光跟踪仪的测量坐标系与飞机总装配站位的装配坐标系统一；2)利用激光跟踪仪测量2#、12#测量点，由计算机自动构建飞机对称轴线；3)启动测量程序，采用手动或自动测量模式完成惯导校准模板上的靶标点测量；4)计算并图形显示惯导校准模板的水平偏差和航向偏差，如果达到要求则完成惯导水平测量，否则转步骤5)继续调整；5)根据计算机的提示，人工调整惯导校准模板，完成调整后，重复步骤3)～步骤4)，直至水平偏差和航向偏差达到要求。本发明可有效提高测量精度，大幅提升测量效率；进一步提高了飞机总装的自动化、集成化水平。