本发明公开了一种小分子鱼鳞胶原蛋白肽的制备工艺，属于生物提取技术领域，包括如下步骤：（1）预处理鱼鳞，除掉鱼鳞的表面杂质和脂肪；（2）高温硫酸提取法提取鱼鳞胶原蛋白肽，提取产率超过95%；（3）离心机分离协同膜分离的工艺技术纯化提取液，得到纯度大于90%的大分子鱼鳞胶原蛋白肽；（4）蛋白酶酶解大分子鱼鳞胶原蛋白肽，酶解结束后灭酶，得到纯度大于90%、相对分子质量小于1.5kD的小分子鱼鳞胶原蛋白肽溶液；（5）喷雾干燥快速干燥蛋白肽溶液，得到小分子鱼鳞胶原蛋白肽粉成品。采用上述工艺后，所制得小分子鱼鳞胶原蛋白肽成本低、产率高、纯度高且分子量低，并充分利用了鱼类加工废弃物鱼鳞，变废为宝。