一种发光二极管封装结构的制作方法，包括以下步骤：在绝缘衬底上利用金属有机物气相外延的方法依次生长n型层、有源层和p型层；光刻在p型层上面的一侧向下到达n型层的表面形成第一台面，在另一侧向下刻蚀到达绝缘衬底的表面，形成第二台面；在第一、二台面上制作导电通孔并填充导电金属；在靠近第二台面的一侧并覆盖部分p型层的上表面，制作绝缘层；在绝缘层上并覆盖绝缘层制作p电极；在第一台面上的导电通孔上制作n电极；将绝缘衬底减薄；在绝缘衬底的背面的两侧分别制作第一背电极和第二背电极，以上得到器件的基底；在器件的基底上封装一光学元件，完成基底上器件的制作；采用机械方式将基底上器件切割成独立的器件。