本发明涉及一种通过两个DNA重复序列鉴别杂草稻籼粳性的方法，是以含有小麦45SrDNA基因序列的克隆pTA71和水稻AA组染色体亚端粒串联重复序列的克隆pOs48，质粒DNA提取后，通过缺刻平移法，用地高辛-dUTP标记的pOs48和用生物素-dUTP标记的pTA71，形成45SrDNA和Os48探针，用于对杂草稻的籼粳性鉴别，具体步骤是：将被鉴定的杂草稻有丝分裂前中期染色体制片、变性，与含有探针的变性杂交液进行双色荧光原位杂交，在避光条件下对其信号进行检测，根据杂草稻有丝分裂前中期染色体上45SrDNA和Os48位点数目和分布特点，对不同来源的杂草稻进行籼粳分类。