一种纯电动车电池系统的保护控制方法，依托于纯电动车用整车控制器、电池管理系统、地面充电机等设备，通过直接采集电池系统实时端电压、电池系统单体电压、电池单体温度等，获得电池当前最大允许充放电电流，从而实时计算电机当前最大允许驱动扭矩、最大允许制动扭矩，对驱动电机力矩进行限制，防止电池系统过充电、过放电，进而达到保护电池系统的目的；该方法包括：电池系统持续过充电保护控制；电池系统持续过放电保护控制；电池系统持续高温或低温运行保护控制；车辆驱动过程中电池系统持续大电流充放电保护控制。本发明避免了以往因整组电池SOC或单体电池SOC的估算不准确，而无法对电池系统形成实际有效保护的情况。