本发明公开了一种从马铃薯汁水中分离制备马铃薯蛋白粉的方法，新鲜马铃薯汁水经消泡、粗分离等预处理后进行膜分离。膜分离所得截留液经渗滤脱盐、杀菌与干燥等工序后得到马铃薯蛋白粉；膜分离所得前期透过液回用于洗涤预处理沉淀物，洗涤水与新鲜汁水合并后送回到膜分离系统。发明采用相对温和的膜分离技术可较好地保持天然马铃薯蛋白的活性；通过消泡处理，提高膜分离效率；通过膜分离前期透过液回收预处理固体物中的残留蛋白，提高蛋白回收率；通过对膜分离截留液的渗滤处理提高蛋白质的纯度。集约化技术应用可获得有一定生理活性的马铃薯蛋白粉，不仅可为行业提供新的利润增长点，同时可有效降低工业废水的污染物浓度。