本发明涉及一种去除甲壳素原料中蛋白质的方法，步骤是：⑴将甲壳素原料粉碎，加入碱液及还原剂形成混合物，将该混合物在30-150℃水浴处理0.5h-24h；⑵将水浴后的混合物进行固液分离，所得固体即为甲壳素粗品。本发明针对影响甲壳素提取过程中的难溶蛋白质进行了研究，通过添加还原剂，协同碱液，增加蛋白质的溶解性，从而提高了甲壳素的得率和纯度，为甲壳素的提取工艺提供了新思路；同时这些难溶的蛋白质，也是一种潜在的蛋白资源，将其转化为可溶性蛋白，有利于原料的综合利用。