本发明公开了一种综合利用南极磷虾壳的方法，其以南极磷虾壳为原料，利用南极磷虾高活力的内源蛋白酶和外源碱性蛋白酶水解虾壳回收蛋白质与虾青素，残渣用于生产甲壳素的综合利用方法。其利用内源酶、外源酶综合对虾壳进行水解，有效增大蛋白质回收率，酶解产物经过滤后离心，滤过液经浓缩得到的浓缩蛋白或再经喷雾干燥得到可溶性蛋白粉，蛋白粉中蛋白质含量75%～85%。沉淀物经冷冻干燥得到富含虾青素的蛋白粉，蛋白质含量为50%～60%，虾青素含量为600～900mg/kg。结合南极磷虾自身内源蛋白酶活力高的特点，利用内源蛋白酶的酶解作用替代部分外源酶，使外源酶加入量减少了40%～50%，大大降低了成本。