本发明公开一种从含乙醛酸和乙二醛的水性反应介质中分离乙醛酸的方法，包括：用无机碱性水溶液将所述反应介质pH调节至中性的步骤；将中和后的反应介质用含醚萃取剂进行萃取的步骤；将萃取所得水相用无机酸性水溶液进行酸化的步骤；以及将所得酸化溶液进行浓缩结晶的步骤。本发明的方法利用中和过程将乙醛酸转化为乙醛酸盐，再用萃取过程实现乙醛酸盐和乙二醛的分离，再对乙醛酸盐进行酸化重新形成乙醛酸，乙二醛的去除效果好，残余浓度低；本发明的方法所涉及到的中和、萃取、酸化等步骤均在常规温度下进行，对设备要求低，操作简单。