本发明公开一种电动汽车的电机控制系统，包括：IGBT模块与电动汽车的电机相连；检测模块用于检测电机的转速；驱动模块驱动IGBT的开通和关断以控制电机；通道选择模块与驱动模块相连；第一控制模块分别与通道选择模块和检测模块相连，第二控制模块与通道选择模块相连，第二控制模块与第一控制模块进行通讯；第一控制模块输出第一控制信号控制IGBT模块；当第一控制模块故障时，第二控制模块根据第一控制模块故障前预设时间电机转速输出第二控制信号。该电机控制系统将车辆故障引起的不可控失效转化为可控失效，保证车辆平稳、安全、可靠地停下来，并避免汽车前后剧烈抖动。本发明还公开一种电动汽车及其的电机控制系统的控制方法。