一种基于JTAG接口的单粒子辐照试验测试系统及方法，该试验系统包括上位机和测试板；测试板包括SRAM，配置PROM，控制处理FPGA与被测FPGA；控制处理FPGA包括串口通信模块、过程控制模块、被测FPGA配置模块，JTAG回读模块及SRAM读写模块；被测FPGA上搭载简单功能；上位机负责流程控制和数据处理；控制处理FPGA负责处理上位机发送的命令并进行单粒子翻转、单粒子功能中断检测等工作。本发明使用控制处理FPGA与被测FPGA的JTAG接口相连，通过JTAG接口实现单粒子翻转检测，系统更加稳定，结果更加可靠，并且可以自动识别被测FPGA的器件型号，自适应不同型号被测FPGA的单粒子辐照试验测试。